Category Archives: Presentations+Talks

Serial Workshop Open Science

oa

 

 

 

Saya bersama rekan-rekan dari Penerbit ITB dan Perpustakaan Pusat ITB berinisiatif (tepatnya memberanikan diri) untuk melaksanakan “Serial Workshop Open Science”. Workshop ini akan terdiri dari beberapa topik:

  • Topik 1: Introduction to open science: streamlining your workflow
  • Topik 2: Open data: how to make your data fully citeable and reuseable
  • Topik 3: Open method: how to ensure make your research reproducible and citeable
  • Topik 4: Open source tools: open source apps for your disposal
  • Topik 5: Open access: how to make your research fully open access

Topik pertama akan dilaksanakan pada

Hari/tanggal: Kamis, 4 Agustus 2016 pukul 09-11am.

Tempat: Ruang Seminar Perpustakaan Pusat ITB

Peserta dapat berkoordinasi dengan Bu Kustiati Kusno, PhD candidate dari SITH via email kustiati.khusnan [@] gmail [.] com.

Dalam workshop ini secara berurutan akan dikenalkan:

  • konsep open science,
  • bagaimana melaksanakannya,
  • piranti apa saja yang diperlukan, dan
  • bagaimana mempublikasikan hasilnya.

Bagaimana cara membaca (menelaah) makalah akademik

 

Membaca (menelaah) makalah akademik

Dokumen ini adalah translasi dari dokumen berjudul Reading Papers yang ditulis oleh J.T. Leek (JTL) untuk para mahasiswa dalam grup risetnya, yang telah diunggah di repository Githubnya. JTL ini adalah dosen di John Hopkins Bloomberg School of Public Health. Kuliah masifnya tentang data analysis di Coursera sangat terkenal. Para pembaca yang budiman dipersilahkan google sendiri ya. Artikel ini awalnya ditulis untuk menanggapi tweet dari Amelia McNamara. Daripada menanggapi secara pribadi, JTL memutuskan untuk membuat blog post dalam format Markdown untuk khalayak umum. Artikel aslinya ada di sini.

Moral of the story dari upaya saya ini adalah untuk memberikan gambaran kepada rekan-rekan dosen/peneliti, bahwa paper/publikasi formal adalah hanya salah satu dari output kegiatan kita. Pesan yang kedua adalah kalau ada rekan yang dengan semangat menyampaikan putput kegiatannya, itu bukanlah narsis, my friend, that is called Publish and Publicize. Itu adalah bagian dari Science Communication. Silahkan baca tweet saya pagi ini dan slide saya ini.

Beberapa panduan lainnya yang telah ditulis oleh JTL adalah sebagai berikut:

Saya juga menggunakan panduan-panduan di atas untuk kegiatan akademik saya

Mengapa kita perlu membaca makalah?

Makalah akademik masih menjadi moda utama untuk penyebaran informasi saintifik kepada dunia. Walaupun saat ini banyak moda lainnya, melalui kode program, blog, atau twitter, namun demikian makalah masih merupakan standar untuk melaporkan temuan-temuan saintifik yang baru.

Apa yang seharusnya anda baca?

Beberapa item berikut hanya relevan untuk bidang kesehatan.

Jawabannya akan sangat bergantung kepada bidang anda masing-masing. Berikut ini adalah beberapa kategori jurnal yang umum dijumpai.

  • Majalah saintifik: mirip jurnal Nature, PNAS, dan Science mempublikasikan makalah yang sifatnya “terobosan” yang diminati oleh pembaca umum. Dengan demikian, paper-paper dalam media ini ditulis dalam bahasa yang lebih ringan (tidak terlalu teknis), sehingga dapat dibaca dan dipahami oleh pembaca dari berbagai bidang ilmu. Hal ini juga berarti bahwa banyak makalah penting yang dipublikasikan oleh jurnal ini. Di sisi sebaliknya, penulis biasanya akan ditekan keras untuk menginterpretasi datanya, sehingga terlihat sebagai sebuah “terobosan”. Dampak akhirnya adalah jumlah paper yang ditolak pun akan tinggi, baca juga artikel ini.
  • Majalah kesehatan: Di bidang ilmu kesehatan ada jurnal jenis ini seperti New England Journal of Medicine dan Journal of the American Medical Association. Mereka punya nilai lebih sama dengan majalah saintifik, tapi dengan nilai kesehatan yang lebih tinggi (sedikit lebih spesifik).
  • Mega journals: Jurnal-jurnal seperti PLoS One dan Peerj juga mempublikasikan makalah dalam area yang luas. Kriteria review-nya lebih fokus kepada kebenaran, tanpa harus terlihat sisi kebaruannya. Dengan demikian paper yang dimuat akan sangat beragam.
  • Jurnal saintifik bidang khusus: Jurnal ilmiah yang umumnya ada tidaklah masuk kategori sebagai mega-journals atau majalah. Jurnal-jurnal ini biasanya lebih spesifik, menceritakan hal-hal detil, dan sangat berat dari sisi teknis. Pada jurnal-jurnal jenis inilah kebanyak makalah ilmiah diterbitkan. Paper-paper yang terbit tidak menitikberatkan pada sisi terobosannya, tapi isinya dapat lebih dipercaya. Di bidang biostatistik dan kesehatan masyarakat, contoh jurnal ini adalah Biostatistics atau Biometrics.
  • Makalah seminar/konferensi: Beberapa bidang keilmuan ada yang cenderung menerbitkan publikasi pendek (ter-review) yang disampaikan dalam acara konferensi. Makalah-makalah jenis ini akan bersifat teknis serta menyampaikan hal-hal terbaru dan yang paling menarik sesuai lingkup konferensinya, seperti NIPS. Makalah jenis ini walaupun detil tapi disampaikan dalam bahasa yang lebih ringan, biasanya tidak mencantumkan kode program atau data secara detil, sehingga sulit untuk diikuti dan direplikasi.

Bagaimana cara menemukan bahan bacaan?

Berikut ini adalah cara terbaik untuk menemukan bahan bacaan:

  • Jurnal website adalah tempat terbaik untuk memulainya. Berikut ini adalah contoh daftarnya Daftar jurnal ilmiah.
  • Anda juga dapat membaca makalah yang tersedia di menggunakan agregator situs, seperti Pubmed Central

Saat ini banyak sekali yang dapat anda gunakan, seperti DOAJ, Google Scholar, atau platform riset open access seperti Scienceopen.

Masalah utama biasanya muncul untuk jurnal-jurnal yang berbayar (paywalled). Anda harus membayar untuk dapat membaca artikel. Saat ini banyak jurnal-jurnal yang open access atau repository pre-print. Makalah-makalah pre-print belum menjalani peer review, tapi kebanyakan akan berakhir sebagai makalah di jurnal-jurnal ilmiah. Hal yang menyenangkan adalah paper pre-print sering menjelaskan riset-riset terbaru dan gratis untuk dibaca. Dua server pre-print yang sangat terkenal adalah: bioRxiv dan arXiv.

Open access dan tagar #icanhazpdf

Dalam hal ini silahkan membaca juga blog saya tentang cara mendapatkan artikel ilmiah.

Satu hal yang membuat frustasi adalah banyaknya makalah berbayar, yang kebetulan tidak dilanggan oleh universitas. Biaya yang kita bayar karena jurnal tersebut berjenis close access dan mereka bergantung kepada uang yang dibayarkan pembaca atau institusi yang melanggannya.

Saat ini anda dapat membaca paper secara gratis pada beberapa tempat berikut ini:

  • Jurnal open access (jurnal yang membebankan biaya kepada penulis, bukan pembaca) seperti PLoS journals, Peerj, dll,
  • Server pre-print seperti bioRxiv and arXiv,
  • Agregator seperti Pubmed Central,
  • Website/blog pribadi penulis yang terkadang mengunggah versi draft dari makalah mereka.

Jadi bila anda kebetulan menemukan makalah menarik yang berbayar, maka pertama kali anda harus cek apakah penulisnya memiliki makalah versi pre-print atau cek blog pribadinya. Bila masih tidak beruntung, anda bisa kapan saja mencoba mengirimkan email secara pribadi langsung kepada penulis untuk meminta soft copy makalahnya.

Sekarang sudah ada Researchgate yang membantu proses permintaan makalah ini (dengan asumsi, penulis memiliki profil di jejaring ini).

Cara yang lebih modern adalah menggunakan tagar Twitter dan meA more modern approach that has sprung up is something called #icanhazpdf di media sosial Twitter. Dengan cara ini anda dapat meminta kepada masyarakat umum yang mungkin memiliki pdf makalahnya dan berkenan membaginya kepada anda. Bila anda telah mendapatkan kirimkan makalanya, maka etikanya, anda harus menghapus tweet tersebut. Cara ini walaupun saat ini sudah sangat umum, tetapi ada beberapa pihak yang menyarankan agar tetap berhati-hati karena komunikasi di media Twitter bersifat terbuka, tidak pribadi seperti email.

Simak juga akun twitter saya @dasaptaerwin.

Seberapa banyak yang perlu anda baca?

Makalah ilmiah terbit secara terus-menerus. Ribuan diterbitkan per tahun, termasuk ratusan pada bidang-bidang tertentu. Kecuali anda menghabiskan seluruh waktu anda dalam sehari, maka andaJTL mengikuti dengan perkembangan seluruh paper yang terbit. Pilihnya makalah yang paling menarik dan sesuai dengan minatia . Oleh karenanya anda perlu belajar bagaimana cara mencarinya menggunakan kata kunci yang tepat. Sains sangat menakjubkan, jadi jangan menghabiskan waktu untuk hal-hal yang menjemukan.

Secara umum ada dua cara utama untuk mencari makalah yang anda minati. Cara JTL adalah dengan menggunakan agregator dengan RSS feeds dari jurnal yang saya sukai, kemudian ia menggunakan proporsi waktu berikut untuk mengevaluasi tiap papernya:

  • 100% – baca judulnya
  • 20-50% – baca abstraknya
  • 5-10% – lihat beberapa gambar/caption dan tabel
  • 1-3% – baca makalahnya secara lengkap

Cara yang lebih baru adalah mem-follow akun twitter agregator, misal bioRxiv dan beberapa orang yang memiliki minat yang sama. JTL mengikuti daftar makalah yang ditweet oleh agregator, dan bila ada paper yang sama ditwit beberapa kali, maka biasanya ia akan membaca makalah yang ditweet itu.

Membaca makalah – bagian abstrak/judul

Masing-masing orang akan beda strategi dalam membaca makalah. Pertama JTL akan membaca judul dan abstrak untuk menangkap kesan (a) mengapa makalah ini menarik menurut penulisnya dan (b) apa hasil utamanya. Ia melakukannya untuk menilai apakah perlu untuk membacanya secara lengkap. Perlu diingat bahwa ia tidak menilai kualitas makalahnya, tetapi untuk menilai apakah makalah itu menarik atau tidak.

Membaca makalah – bagian gambar (dan tabel)

Bila suatu makalah ia nilai menarik dari judul/abstraknya, maka selanjutnya disarankan untuk mempelajari gambar-gambar (dan tabel) serta keterangannya. Seperti yang telah ia tulis dalam makalah yang lain my guide to writing papers, bahwa gambar-gambar harus selaras dengan alur makalah dan harus memiliki keterangan gambar secara deskriptif.

Harapannya, gambar-gambar yang ada di dalamnya mudah dipahami. JTL biasanya mencari “kisah” yang diceritakan penulis. Dalam kasus makalah statistik atau komputasional, ia juga mencari perbandingan metode yang ada dalam suatu makalah dengan metoda yang telah digunakan dalam paper-paper sebelumnya, serta bagaimana berbagai metode tersebut saling mendukung satu sama lain.

Membaca makalah – Bagian Pendahuluan

Bagian ini biasanya dilewati, karena biasanya merupakan pengembangan dari abstrak dan seringkali banyak mengandung opini penulis dibandingkan fakta.

Pengecualian untuk makalah dalam bidang yang tidak familiar, maka JTL menyarankan untuk membaca Bab Pendahulannya secara utuh, terutama bagian yang mengulas penelitian-penelitian sebelumnya. Dan bila masih tidak paham, maka JTL akan melacaknya hingga ke bagian referensi.

Membaca makalah – Bagian Metode/material tambahan

Setelah membaca bagian pendahuluan dan merasa masih tertarik, maka JTL akan menghabiskan banyak waktu di hingga bagian metode dan data tambahan (supplementary materials), karena di bagian ini mengandung porsi saintifik terbesar. Ia menceritakan bagaimana penulis melakukan eksperimen, menganalisis data, dan bagaimana mereka membangun argumen yang mendukung kesimpulan. Beberapa hal yang saya cari di bagian ini antara lain:

  • Apakah penulis menceritakan dengan jelas bagaimana data diambil?
  • Apakah mereka menjelaskan dengan jelas bagaimana analisis data dilakukan?
  • Apakah mereka menunjukkan posisi data (mentah) agar verifikasi dapat dilakukan oleh pembaca?
  • Apakah penulis menjelaskan tahapan proses dan rujukan makalah sebelumnya?

Setelahnya, anda dapat menilai secara lebih kritis apakah penulis melakukan penelitian dengan baik atau tidak. Penilaian ini akan berkaitan dengan kepakaran dan pengalaman kita.

Membaca makalah – Bagian Hasil

Bila penulis menyusun tulisannya dengan baik dan mereka menyampaikan gambar/ilustrasi yang mampu bercerita, maka pembaca akan lebih mudah mencerna hasil riset dalam suatu makalah, karena hasil riset akan banyak terkandung di dalam gambar (dan tabel). Tapi disarankan untuk membaca bagian ini dengan lebih rinci untuk mengantisipasi butir-butir yang tidak terekam dalam gambar. Kemudian isi bab ini perlu dibandingkan dengan bab metode untuk melihat benang merah diantara keduanya.

Membaca makalah – Bagian Kesimpulan

Seperti halnya Bab Pendahuluan, JTL biasanya tidak membaca Bab Kesimpulan. Bab ini biasanya adalah rekapitulasi apa yang telah dilakukan di bagian-bagian sebelumnya ditambah dengan sedikit ulasan, bagaimana hasilnya dapat memenuhi lingkup yang lebih luas.

Pesan khusus

Satu hal yang perlu diingat adalah bahwa perkembangan sains seringkali lambat, konstan, dan bertahap. Tetapi ada tekanan sangat besar bagi para saintis untuk menghasilkan “terobosan” (baca juga artikel JTL ini “i got a big one here” fallacy). Saat membaca makalah, anda harus berprasangka baik. Bila ada penulis yang berpendapat bahwa ia dapat menyembuhkan kanker atau menemukan kehidupan di Mars atau teori canggih lainnya, maka anda perlu meyakini kepakarannya, kecuali ada bukti yang sebaliknya.

Jelaskan (apa yang telah anda pahami) kepada orang lain

Membaca makalah akademik adalah cara yang bagus untuk menangkap perkembangan ilmu. Tapi umumnya kita belum yakin tentang apa yang telah dipahami sebelum kita mampu menjelaskannya kepada orang lain, dan membuatnya paham. Maka JTL menyarankan untuk mendiskusikan suatu makalah dengan beberapa orang, misalnya dengan membentuk journal club.

Saat ini ada situs jejaring reviewer bernama Publons. Situs ini beranggotakan para peneliti yang membuat hasil reviewnya terhadap suatu dokumen ilmiah. SKor diberikan untuk orang yang telah membagikan hasil reviewnya. Coba anda kunjungi.

Cari tahu apakah orang lain telah membaca makalah yang sama

Banyak makalah yang dinilai menarik oleh beberapa orang, juga dinilai bagus oleh sebagian pembaca yang lainnya. Satu cara yang baik untuk melihat apakah suatu makalah telah didiskusikan oleh banyak orang, adalah dengan mencari apakah ada blog yang telah membahasnya. Blog mengandung pendapat penulisnya (pemilik blog), sehingga sifatnya sangat subyektif. Oleh karenanya selain membaca pendapat yang mendukungMembaca makalah akademik adalah cara yang bagus untuk menangkap perkembangan ilmu. Tapi umumnya kita belum yakin tentang apa yang telah dipahami sebelum kita mampu menjelaskannya kepada orang lain, dan membuatnya paham. Maka JTL menyarankan untuk mendiskusikan suatu makalah dengan beberapa orang. Cara yang paling baik adalah dengan membentuk journal club.

Saat ini ada situs jejaring reviewer bernama Publons. Situs ini beranggotakan para peneliti yang membuat hasil reviewnya terhadap suatu dokumen ilmiah. Skor diberikan untuk orang yang telah membagikan hasil reviewnya. Coba anda kunjungi.

Post ini dibuat dengan Markdown (md) syntax menggunakan editor online Dillinger. File source md dapat diunduh di repository Github ini.

 

Science Communication Universitas Padjadjaran

Terimakasih atas antusiasme Ibu dan Bapak dari Dept. Magister Management dan Business, Faculty of Economics and Business, Universitas Padjadjaran, pada hari Kamis tanggal 30 Juni 2016.

Slide versi final 2.0 dapat diunduh di Slideshare (di bawah ini), Zenodo, dan source LaTeX nya di Overleaf.

Science communication: beyond impact factor and citation index

This talk will be given today for the staffs of Magister Management Universitas Padjadjaran. The original slides were written in English, but the following abstract was in Indonesian (pdf, LaTeX source).

science is about:

  • honesty in researching
  • bravery in publishing the results
  • big heart in getting feedback

Abstract

Menulis saat ini bukannya menjadi salah satu bentuk akuntabilitas riset. Tetapi juga menjadi indikator kinerja seorang akademia (periset/dosen/mahasiswa dll). Namun demikian saat ini pemikiran kita hanya selalu berisi beberapa pertanyaan berikut: terindeks Scopus atau tidak?, berapa impact factor nya?, atau kalau saya menulis topik ini apakah akan meningkatkan indeks sitasi saya atau tidak ya? Hal ini diperburuk dengan pola pikir bahwa tugas kita menulis hasil riset kemudian mempublikasikannya di jurnal. Terserah akan diapakan oleh penerbit jurnal tersebut. Kini menjadi lebih mengemuka lagi saat pemikiran tersebut menjadi persyaratan administrasi pangkat dan jabatan atau insentif.

Saya tidak mengatakan bahwa indikator tersebut salah, tapi menurut kemudian kita menjadi lupa dengan esensi menjadi seorang akademia, yaitu: melakukan riset untuk membantu masyarakat (atau bangsa dalam skala luas), melaporkannya, dan menyebarluaskannya untuk diketahui khalayak. Menulis seolah menjadi beban berat. Sepertinya, belum apa-apa sudah memikirkan Scopus, indeks sitasi, dll. Pada akhirnya tidak jadi menulis. Malah salah bukan.

Dalam paparan ini saya menyampaikan bahwa saat ini telah terjadi perkembangan yang luar biasa, bernama Open Science. Aliran ini bertumpu kepada prinsip bahwa ilmu itu terbuka dan milik semua orang. Dengan demikian maka indikator kinerja seorang akademiapun harus ditambah dengan instrumen-instrumen yang lebih terbuka. Bahwa Scopus index, impact factor, dan indeks sitasi adalah pekerjaan panjang yang tidak berhenti saat kita menerima email “accepted”. Partisipasi redaksi jurnal dan penerbit juga berperan dalam mencapainya. Untuk itu diperlukan komunikasi saintifik (science communication) yang handal.

Karena itu saya mengusulkan masyarakat akademia untuk:

  • terus menulis: dalam media formal maupun non formal,
  • menggunakan indikator impact factor, Scopus indexing dengan tidak berlebihan, serta memahami bahwa citation index adalah sebuah indikator outcome, bukan indikator proses,
  • mengutamakan media open access bilamana memungkinkan (khususnya dari sisi dana) dan sajikan data mentah secara terbuka,
  • mencoba menghasilkan artikel dalam Bahasa Inggris, dan
  • memanfaatkan social media.

1st Circular: Indonesia R Meet Up

  

Karena ternyata sudah banyak yang “terungkap” sebagai Pengguna R (pada tahap beginners hingga advanced), sudah saatnya merancang acara R meet up. Contohnya seperti ini: http://r-users-group.meetup.com/.

Komunitas Indonesia R User akan menyelenggarakan Indonesia R Meet Up yang pertama, dengan tema R 4 All.

TORnya sebagai berikut:

  • Siapa saja yang boleh hadir: semua yang berminat dan join R user group.
  • Siapa saja yang boleh mengirimkan abstrak: pengguna R (tidak ada batasan kompetensi), dan harus join R user group.
  • Apa saja yang boleh dipresentasikan: semua topik asal menggunakan R.

Topik sementara ini hanya dibagi dua: 

  1. Natural sciences (termasuk kedokteran, kesehatan)
  2. Social sciences (termasuk ekonomi)

  • Bagaimana format abstrak: 200 kata, ada max 5 kata kunci, menggandung latar belakang, metode, hasil, kesimpulan, rekomendasi. Kode R disampaikan sebagai lampiran.
  • Dikirim ke mana: di post di Wall R User Group.

Masukan-masukan terhadap penyelenggaraan acara agar dapat ditulis di kolom komentar.

Terimakasih.

3rd Workshop: Introduction to R

Cover

Alhamdulillah

Acara 3rd Intro to R telah selesai dilaksanakan, sekitar 50 peserta telah hadir. Ada Pak Adi Pancoro Biologi 🙂

Mohon maaf atas segala kekurangan. Lain kali akan lebih rapih lagi, karena sambungan internet kurang lancar untuk instalasi package dll. Namun minimum para peserta telah memahami cara instalasi dan beberapa dasar operasi R.

Slide akan segera tersedia di SlideShare, kode lengkap akan diunggah ke Github.

Pada kesempatan berikutnya akan diadakan workshop R tematik: basic stats, multivariable analysis, exploratory data analysis, plotting, dll.

Terimakasih atas minat peserta yang tinggi. Terimakasih pula untuk Perpustakaan ITB, Bapak Mahmudin, dan para pustakawan Mas Yoka Adam cs. Semoga tidak kapok jadi host.

Unduh slide format pdf: 20150526-IntroR-Text

Slide format ioslide dapat dilihat di: Rpubs

Unduh data dan code di: GoogleDrive

WTF: Seven don'ts in academic speaking/writing

seven poster
Academic speaking/writing is about sharing what you know and admitting what you don’t know and asking what you want to learn from your audience/reader.
After a long hiatus, here’s my newest post.
Did you saw the movie “Seven”? Well you should, but prepare yourself for its bloody scenes.
This blog post was inspired by Julian Treasure’s talk on TEDtalk. I try to apply the points in the talk in to my “academic” presentation or “academic” writing process. And by writing this, I try to remind myself constantly not to repeat the same mistakes over and over again.
So here’s the list that we must avoid during our talk or writing process:
  1. Gossiping: It is talking of somebody’s ill behind him/her. This can absolutely get your A/R to leave the room or throw your book. You don’t want your A/R to get the subjective part of your science. Give your A/R your view on the strength and weakness of a research, its pros and cons, without having to tell the world your relationship with the original researcher.
  2. Judging: Your talk/book isn’t a trial. So leave it far behind. Being judged is the least reason anyone would go to your stage or your paper. But the worst thing is judging yourself. You don’t want to come to stage with a heavy thought that your material isn’t good enough for the A/R. Even a professor would come to your talk or read your paper to learn from you. You might call it a lack of self confidence, but I would call it as bad self judgment.
  3. Negativity: Negativity makes it hard to listen, and listening is the biggest part of speaking and writing. The problem is, your audience/reader (A/R) needs to be listened. Speaking/writing is really about listening.
  4. Complaining: Complaining is a viral misery and not to mention, it brings negativity. Everyone can blame the education system or the minister, but what would come good out of that. Wrap your complaints as list of suggestions. That way you can build more positive environment in the room than dragging your A/R in the deep valley of “your” hopelessness.
  5. Excuses: Your audiences/readers don’t need a blame thrower. On the other hand, at certain level, they would forgive things that you admit are your weakness.You need to tell a story of your research as original as you can get. Tell about the pros of your method, as you also detect the cons in it.
  6. Lying: Usually comes after a exaggeration. It might not be detected in a talk with general A/R, but specific A/R will notice a slight lie instantly. Instead, you want to tell your A/R the high early target that you want to achieve and the end result that you you get after facing some obstacles in the way.
  7. Dogmatism: It is reflects a conflict between your facts and your opinion. Your A/R come to listen to understand your points not to believe them nor make a religion out of them. In some way, you want to make your A/R to believe that they can apply your method to solve their problem. And hopefully, when they get the good values of your method, they would spread it to their network. The impact would be way stronger than if you put a forcing dogmatic phrase or sentence in talk or paper.

So start “deleting” your sins.

@dasaptaerwin