Membaca (menelaah) makalah akademik

Dokumen ini adalah translasi dari dokumen berjudul Reading Papers yang ditulis oleh J.T. Leek (JTL) untuk para mahasiswa dalam grup risetnya, yang telah diunggah di repository Githubnya. JTL ini adalah dosen di John Hopkins Bloomberg School of Public Health. Kuliah masifnya tentang data analysis di Coursera sangat terkenal. Para pembaca yang budiman dipersilahkan google sendiri ya. Artikel ini awalnya ditulis untuk menanggapi tweet dari Amelia McNamara. Daripada menanggapi secara pribadi, JTL memutuskan untuk membuat blog post dalam format Markdown untuk khalayak umum. Artikel aslinya ada di sini.

Moral of the story dari upaya saya ini adalah untuk memberikan gambaran kepada rekan-rekan dosen/peneliti, bahwa paper/publikasi formal adalah hanya salah satu dari output kegiatan kita. Pesan yang kedua adalah kalau ada rekan yang dengan semangat menyampaikan putput kegiatannya, itu bukanlah narsis, my friend, that is called Publish and Publicize. Itu adalah bagian dari Science Communication. Silahkan baca tweet saya pagi ini dan slide saya ini.

Beberapa panduan lainnya yang telah ditulis oleh JTL adalah sebagai berikut:

• How to write your first paper
• How to review a paper
• How to share data
• How to write an R package

Saya juga menggunakan panduan-panduan di atas untuk kegiatan akademik saya

Mengapa kita perlu membaca makalah?

Makalah akademik masih menjadi moda utama untuk penyebaran informasi saintifik kepada dunia. Walaupun saat ini banyak moda lainnya, melalui kode program, blog, atau twitter, namun demikian makalah masih merupakan standar untuk melaporkan temuan-temuan saintifik yang baru.

Apa yang seharusnya anda baca?

Beberapa item berikut hanya relevan untuk bidang kesehatan.

Jawabannya akan sangat bergantung kepada bidang anda masing-masing. Berikut ini adalah beberapa kategori jurnal yang umum dijumpai.

• Majalah saintifik: mirip jurnal Nature, PNAS, dan Science mempublikasikan makalah yang sifatnya “terobosan” yang diminati oleh pembaca umum. Dengan demikian, paper-paper dalam media ini ditulis dalam bahasa yang lebih ringan (tidak terlalu teknis), sehingga dapat dibaca dan dipahami oleh pembaca dari berbagai bidang ilmu. Hal ini juga berarti bahwa banyak makalah penting yang dipublikasikan oleh jurnal ini. Di sisi sebaliknya, penulis biasanya akan ditekan keras untuk menginterpretasi datanya, sehingga terlihat sebagai sebuah “terobosan”. Dampak akhirnya adalah jumlah paper yang ditolak pun akan tinggi, baca juga artikel ini.
• Majalah kesehatan: Di bidang ilmu kesehatan ada jurnal jenis ini seperti New England Journal of Medicine dan Journal of the American Medical Association. Mereka punya nilai lebih sama dengan majalah saintifik, tapi dengan nilai kesehatan yang lebih tinggi (sedikit lebih spesifik).
• Mega journals: Jurnal-jurnal seperti PLoS One dan Peerj juga mempublikasikan makalah dalam area yang luas. Kriteria review-nya lebih fokus kepada kebenaran, tanpa harus terlihat sisi kebaruannya. Dengan demikian paper yang dimuat akan sangat beragam.
• Jurnal saintifik bidang khusus: Jurnal ilmiah yang umumnya ada tidaklah masuk kategori sebagai mega-journals atau majalah. Jurnal-jurnal ini biasanya lebih spesifik, menceritakan hal-hal detil, dan sangat berat dari sisi teknis. Pada jurnal-jurnal jenis inilah kebanyak makalah ilmiah diterbitkan. Paper-paper yang terbit tidak menitikberatkan pada sisi terobosannya, tapi isinya dapat lebih dipercaya. Di bidang biostatistik dan kesehatan masyarakat, contoh jurnal ini adalah Biostatistics atau Biometrics.
• Makalah seminar/konferensi: Beberapa bidang keilmuan ada yang cenderung menerbitkan publikasi pendek (ter-review) yang disampaikan dalam acara konferensi. Makalah-makalah jenis ini akan bersifat teknis serta menyampaikan hal-hal terbaru dan yang paling menarik sesuai lingkup konferensinya, seperti NIPS. Makalah jenis ini walaupun detil tapi disampaikan dalam bahasa yang lebih ringan, biasanya tidak mencantumkan kode program atau data secara detil, sehingga sulit untuk diikuti dan direplikasi.

Bagaimana cara menemukan bahan bacaan?

Berikut ini adalah cara terbaik untuk menemukan bahan bacaan:

• Jurnal website adalah tempat terbaik untuk memulainya. Berikut ini adalah contoh daftarnya Daftar jurnal ilmiah.
• Anda juga dapat membaca makalah yang tersedia di menggunakan agregator situs, seperti Pubmed Central

Saat ini banyak sekali yang dapat anda gunakan, seperti DOAJ, Google Scholar, atau platform riset open access seperti Scienceopen.

Masalah utama biasanya muncul untuk jurnal-jurnal yang berbayar (paywalled). Anda harus membayar untuk dapat membaca artikel. Saat ini banyak jurnal-jurnal yang open access atau repository pre-print. Makalah-makalah pre-print belum menjalani peer review, tapi kebanyakan akan berakhir sebagai makalah di jurnal-jurnal ilmiah. Hal yang menyenangkan adalah paper pre-print sering menjelaskan riset-riset terbaru dan gratis untuk dibaca. Dua server pre-print yang sangat terkenal adalah: bioRxiv dan arXiv.

Open access dan tagar #icanhazpdf

Dalam hal ini silahkan membaca juga blog saya tentang cara mendapatkan artikel ilmiah.

Satu hal yang membuat frustasi adalah banyaknya makalah berbayar, yang kebetulan tidak dilanggan oleh universitas. Biaya yang kita bayar karena jurnal tersebut berjenis close access dan mereka bergantung kepada uang yang dibayarkan pembaca atau institusi yang melanggannya.

Saat ini anda dapat membaca paper secara gratis pada beberapa tempat berikut ini:

• Jurnal open access (jurnal yang membebankan biaya kepada penulis, bukan pembaca) seperti PLoS journals, Peerj, dll,
• Server pre-print seperti bioRxiv and arXiv,
• Agregator seperti Pubmed Central,
• Website/blog pribadi penulis yang terkadang mengunggah versi draft dari makalah mereka.

Jadi bila anda kebetulan menemukan makalah menarik yang berbayar, maka pertama kali anda harus cek apakah penulisnya memiliki makalah versi pre-print atau cek blog pribadinya. Bila masih tidak beruntung, anda bisa kapan saja mencoba mengirimkan email secara pribadi langsung kepada penulis untuk meminta soft copy makalahnya.

Sekarang sudah ada Researchgate yang membantu proses permintaan makalah ini (dengan asumsi, penulis memiliki profil di jejaring ini).

Cara yang lebih modern adalah menggunakan tagar Twitter dan meA more modern approach that has sprung up is something called #icanhazpdf di media sosial Twitter. Dengan cara ini anda dapat meminta kepada masyarakat umum yang mungkin memiliki pdf makalahnya dan berkenan membaginya kepada anda. Bila anda telah mendapatkan kirimkan makalanya, maka etikanya, anda harus menghapus tweet tersebut. Cara ini walaupun saat ini sudah sangat umum, tetapi ada beberapa pihak yang menyarankan agar tetap berhati-hati karena komunikasi di media Twitter bersifat terbuka, tidak pribadi seperti email.

Simak juga akun twitter saya @dasaptaerwin.

Seberapa banyak yang perlu anda baca?

Makalah ilmiah terbit secara terus-menerus. Ribuan diterbitkan per tahun, termasuk ratusan pada bidang-bidang tertentu. Kecuali anda menghabiskan seluruh waktu anda dalam sehari, maka andaJTL mengikuti dengan perkembangan seluruh paper yang terbit. Pilihnya makalah yang paling menarik dan sesuai dengan minatia . Oleh karenanya anda perlu belajar bagaimana cara mencarinya menggunakan kata kunci yang tepat. Sains sangat menakjubkan, jadi jangan menghabiskan waktu untuk hal-hal yang menjemukan.

Secara umum ada dua cara utama untuk mencari makalah yang anda minati. Cara JTL adalah dengan menggunakan agregator dengan RSS feeds dari jurnal yang saya sukai, kemudian ia menggunakan proporsi waktu berikut untuk mengevaluasi tiap papernya:

• 100% – baca judulnya
• 20-50% – baca abstraknya
• 5-10% – lihat beberapa gambar/caption dan tabel
• 1-3% – baca makalahnya secara lengkap

Cara yang lebih baru adalah mem-follow akun twitter agregator, misal bioRxiv dan beberapa orang yang memiliki minat yang sama. JTL mengikuti daftar makalah yang ditweet oleh agregator, dan bila ada paper yang sama ditwit beberapa kali, maka biasanya ia akan membaca makalah yang ditweet itu.

Membaca makalah – bagian abstrak/judul

Masing-masing orang akan beda strategi dalam membaca makalah. Pertama JTL akan membaca judul dan abstrak untuk menangkap kesan (a) mengapa makalah ini menarik menurut penulisnya dan (b) apa hasil utamanya. Ia melakukannya untuk menilai apakah perlu untuk membacanya secara lengkap. Perlu diingat bahwa ia tidak menilai kualitas makalahnya, tetapi untuk menilai apakah makalah itu menarik atau tidak.

Membaca makalah – bagian gambar (dan tabel)

Bila suatu makalah ia nilai menarik dari judul/abstraknya, maka selanjutnya disarankan untuk mempelajari gambar-gambar (dan tabel) serta keterangannya. Seperti yang telah ia tulis dalam makalah yang lain my guide to writing papers, bahwa gambar-gambar harus selaras dengan alur makalah dan harus memiliki keterangan gambar secara deskriptif.

Harapannya, gambar-gambar yang ada di dalamnya mudah dipahami. JTL biasanya mencari “kisah” yang diceritakan penulis. Dalam kasus makalah statistik atau komputasional, ia juga mencari perbandingan metode yang ada dalam suatu makalah dengan metoda yang telah digunakan dalam paper-paper sebelumnya, serta bagaimana berbagai metode tersebut saling mendukung satu sama lain.

Membaca makalah – Bagian Pendahuluan

Bagian ini biasanya dilewati, karena biasanya merupakan pengembangan dari abstrak dan seringkali banyak mengandung opini penulis dibandingkan fakta.

Pengecualian untuk makalah dalam bidang yang tidak familiar, maka JTL menyarankan untuk membaca Bab Pendahulannya secara utuh, terutama bagian yang mengulas penelitian-penelitian sebelumnya. Dan bila masih tidak paham, maka JTL akan melacaknya hingga ke bagian referensi.

Membaca makalah – Bagian Metode/material tambahan

Setelah membaca bagian pendahuluan dan merasa masih tertarik, maka JTL akan menghabiskan banyak waktu di hingga bagian metode dan data tambahan (supplementary materials), karena di bagian ini mengandung porsi saintifik terbesar. Ia menceritakan bagaimana penulis melakukan eksperimen, menganalisis data, dan bagaimana mereka membangun argumen yang mendukung kesimpulan. Beberapa hal yang saya cari di bagian ini antara lain:

• Apakah penulis menceritakan dengan jelas bagaimana data diambil?
• Apakah mereka menjelaskan dengan jelas bagaimana analisis data dilakukan?
• Apakah mereka menunjukkan posisi data (mentah) agar verifikasi dapat dilakukan oleh pembaca?
• Apakah penulis menjelaskan tahapan proses dan rujukan makalah sebelumnya?

Setelahnya, anda dapat menilai secara lebih kritis apakah penulis melakukan penelitian dengan baik atau tidak. Penilaian ini akan berkaitan dengan kepakaran dan pengalaman kita.

Membaca makalah – Bagian Hasil

Bila penulis menyusun tulisannya dengan baik dan mereka menyampaikan gambar/ilustrasi yang mampu bercerita, maka pembaca akan lebih mudah mencerna hasil riset dalam suatu makalah, karena hasil riset akan banyak terkandung di dalam gambar (dan tabel). Tapi disarankan untuk membaca bagian ini dengan lebih rinci untuk mengantisipasi butir-butir yang tidak terekam dalam gambar. Kemudian isi bab ini perlu dibandingkan dengan bab metode untuk melihat benang merah diantara keduanya.

Membaca makalah – Bagian Kesimpulan

Seperti halnya Bab Pendahuluan, JTL biasanya tidak membaca Bab Kesimpulan. Bab ini biasanya adalah rekapitulasi apa yang telah dilakukan di bagian-bagian sebelumnya ditambah dengan sedikit ulasan, bagaimana hasilnya dapat memenuhi lingkup yang lebih luas.

Pesan khusus

Satu hal yang perlu diingat adalah bahwa perkembangan sains seringkali lambat, konstan, dan bertahap. Tetapi ada tekanan sangat besar bagi para saintis untuk menghasilkan “terobosan” (baca juga artikel JTL ini “i got a big one here” fallacy). Saat membaca makalah, anda harus berprasangka baik. Bila ada penulis yang berpendapat bahwa ia dapat menyembuhkan kanker atau menemukan kehidupan di Mars atau teori canggih lainnya, maka anda perlu meyakini kepakarannya, kecuali ada bukti yang sebaliknya.

Jelaskan (apa yang telah anda pahami) kepada orang lain

Membaca makalah akademik adalah cara yang bagus untuk menangkap perkembangan ilmu. Tapi umumnya kita belum yakin tentang apa yang telah dipahami sebelum kita mampu menjelaskannya kepada orang lain, dan membuatnya paham. Maka JTL menyarankan untuk mendiskusikan suatu makalah dengan beberapa orang, misalnya dengan membentuk journal club.

Saat ini ada situs jejaring reviewer bernama Publons. Situs ini beranggotakan para peneliti yang membuat hasil reviewnya terhadap suatu dokumen ilmiah. SKor diberikan untuk orang yang telah membagikan hasil reviewnya. Coba anda kunjungi.

Cari tahu apakah orang lain telah membaca makalah yang sama

Banyak makalah yang dinilai menarik oleh beberapa orang, juga dinilai bagus oleh sebagian pembaca yang lainnya. Satu cara yang baik untuk melihat apakah suatu makalah telah didiskusikan oleh banyak orang, adalah dengan mencari apakah ada blog yang telah membahasnya. Blog mengandung pendapat penulisnya (pemilik blog), sehingga sifatnya sangat subyektif. Oleh karenanya selain membaca pendapat yang mendukungMembaca makalah akademik adalah cara yang bagus untuk menangkap perkembangan ilmu. Tapi umumnya kita belum yakin tentang apa yang telah dipahami sebelum kita mampu menjelaskannya kepada orang lain, dan membuatnya paham. Maka JTL menyarankan untuk mendiskusikan suatu makalah dengan beberapa orang. Cara yang paling baik adalah dengan membentuk journal club.

Saat ini ada situs jejaring reviewer bernama Publons. Situs ini beranggotakan para peneliti yang membuat hasil reviewnya terhadap suatu dokumen ilmiah. Skor diberikan untuk orang yang telah membagikan hasil reviewnya. Coba anda kunjungi.

Post ini dibuat dengan Markdown (md) syntax menggunakan editor online Dillinger. File source md dapat diunduh di repository Github ini.