Tag Archives: open source

Berbagai indikator riset saat ini

Berikut ini adalah bagian dari makalah bersama kami “Penerapan open science di Indonesia agar riset lebih terbuka, mudah diakses, dan meningkatkan dampak saintifik“, yang sementara ini ditulis oleh: Dasapta Erwin Irawan, Hendy Irawan, Cut Novianti Rachmi, Juneman Abraham, Kustiati Kusno, Mochammad Tanzil Multazam, KeuKeu Kaniawati Rosada, Septriono Hari Nugroho, Galih Kusumah, Defny Holidin, Nurhazman Abdul Aziz… (daftar masih berlanjut, silahkan berkontribusi di tautan ini)

Berikut ini adalah beberapa indikator hasil riset yang selama ini kita kenal, seperti laporan, dataset, makalah, poster, dll:

Continue reading Berbagai indikator riset saat ini

Serial Workshop Open Science

oa

 

 

 

Saya bersama rekan-rekan dari Penerbit ITB dan Perpustakaan Pusat ITB berinisiatif (tepatnya memberanikan diri) untuk melaksanakan “Serial Workshop Open Science”. Workshop ini akan terdiri dari beberapa topik:

  • Topik 1: Introduction to open science: streamlining your workflow
  • Topik 2: Open data: how to make your data fully citeable and reuseable
  • Topik 3: Open method: how to ensure make your research reproducible and citeable
  • Topik 4: Open source tools: open source apps for your disposal
  • Topik 5: Open access: how to make your research fully open access

Topik pertama akan dilaksanakan pada

Hari/tanggal: Kamis, 4 Agustus 2016 pukul 09-11am.

Tempat: Ruang Seminar Perpustakaan Pusat ITB

Peserta dapat berkoordinasi dengan Bu Kustiati Kusno, PhD candidate dari SITH via email kustiati.khusnan [@] gmail [.] com.

Dalam workshop ini secara berurutan akan dikenalkan:

  • konsep open science,
  • bagaimana melaksanakannya,
  • piranti apa saja yang diperlukan, dan
  • bagaimana mempublikasikan hasilnya.

Memvisualisasikan sitasi

How to cite this post

Irawan, D. and Priyambodho, A. (2016). Memvisualkan rujukan: Analisis bibliometrik riset air tanah Jakarta, Figshare repository, doi: 10.6084/m9.figshare.3275953.

This post will be formally published as open access papers in Indonesian Journal of Geosciences

Irawan, D. and Priyambodho, A. (2016). Visualising Groundwater Research in Jakarta: a bibliometric of 1987-2016 scholarly documents. Indonesian Journal of Geosciences.

Daftar pustaka cenderung membosankan

Daftar pustaka adalah satu-satunya bagian dari suatu dokumen ilmiah yang mungkin mendapat perhatian yang paling rendah. Dibuatnya selalu yang paling akhir, betul begitu? Akibatnya sering terjadi kesalahan dalam rujukan dalam teks maupun saat membuat daftar rujukannya.

Semestinya tidak demikian. Justru daftar pustaka adalah bagian paling awal dibuat saat kita membuat karya ilmiah. Mengapa bisa begitu? Jelas harus begitu, karena pada tiap tahapan kita pasti akan mencari referensi. Kegiatan mencari rujukan atau referensi inilah pada dasarnya kita sedang membuat Daftar Pustaka.

Telaah bibliometric

Istilah bibliometric study mungkin masih jadi hal baru di Indonesia. Saya belum pernah menemukan judul makalah yang mengandung kata-kata tersebut. Oleh karenanya akan menarik bila saya mengaplikasikan teknik ini untuk bidang ilmu saya, hidrogeologi.

Berikut ini adalah definisi bibliometric study atau sering disetarakan dengan istilah scientometric. Berikut adalah definisinya menurut Wikipedia bibliometric dan scientometric:

Bibliometrics is statistical analysis of written publications, such as books or articles.

Scientometrics is the study of measuring and analysing science, technology and innovation. Major research issues include the measurement of impact, reference sets of articles to investigate the impact of journals and institutes, understanding of scientific citations, mapping scientific fields and the production of indicators for use in policy and management contexts.

Beberapa hari ini saya sedang intensif mengevaluasi referensi tentang air tanah Jakarta, berkaitan dengan joint authorship dengan seorang rekan yang sedang menuntut ilmu di Delft University Belanda. Visualisasi referensi/sitasi sangat penting untuk dapat mengevaluasi jumlah dokumen, intensitas penulis, serta keterkaitan antar penulis. Salah satu hasil visualisasinya dengan http://www.vosviewer.com/ (Van Eck and Waltman, 2010) adalah sebagai berikut. Terlihat bahwa justru penulis luar negeri lebih banyak dibanding penulis dalam negeri untuk makalah hasil pencarian dengan kata kunci “Groundwater Jakarta”. Literature review bisa jadi menarik.

Bagaimana kami melakukannya

Bagian ini akan ditambahkan. Pada dasarnya kami menggunakan piranti sebagai berikut:

  • database saintifik: Google Scholar, Crossref, dan Scopus (hanya dapat digunakan di dalam jaringan ITB)
  • aplikasi reference manager: Zotero yang dilengkapi plug in Paper Machine.
  • aplikasi berbasis Java Vosviewer dari www.vosviewer.com. Sebuah perkakas yang dibuat oleh tim dari University of Leiden.

Kami menggunakan kata kunci “groundwater Jakarta” pada masing-masing database saintifik. Kata kunci tersebut berada di judul, abstrak, dan kata kunci. Data publikasi yang didapatkan diunduh citation info-nya dengan memasukkan data paper dan referensinya. Metadata paper kemudian disimpan sebagai RIS file. File RIS tersebut kemudian diimpor ke dalam aplikasi Vosviewer.

Beberapa makalah yang menginspirasi blog post ini adalah sebagai berikut:

  • Leeds University Library (2014) dan Thomson Reuters (2016) telah menerbitkan buku tentang panduan bibliometrik.
  • Ziegler, B. (2016) menyampaikan contoh analisis bibliometrik untuk bidang energi terbarukan.
  • Fang, Y. (2004) dan Scwartz dan Ibaraki (2001) menulis tentang contoh analisis bibliometrik di bidang hidrogeologi, serta Zhai et al. (2015) menulis tentang kemajuan pendidikan sains air tanah di Cina melalui analisis bibliometrik
  • Van Eck and Waltman (2009, 2011, 20113, 2014) sebagai pembuat aplikasi Vosviewer menyampaikan manual book dan pemanfaatannya untuk keperluan mengekstraksi jejaring saintifik, pemetaan topik riset, serta visualisasi rujukan.

 

Inilah beberapa hasilnya

Gambar peta densitas di bawah ini adalah hasil analisis yang memperhitungkan seluruh paper, baik yang berhubungan (kaitan sitasi), maupun yang tidak berhubungan (tidak berkaitan sitasi). Makin merah makin rapat, dan makin hijau makin jarang. Dalam gambar tersebut akan ada 47 cluster paper bila disortasi berdasarkan kata kuncinya. Terlalu ruwet bukan. Tapi beginilah kondisi makalah ilmiah, di dalam negeri (lihat nama-nama penulis dari Indonesia) dan di luar negeri sekalipun (lihat nama-nama penulis dari Jepang dll). Berikut bila ditampilkan dengan cara lain, yaitu dengan menampilkan nodes nama penulis.

Screen Shot 2016-04-30 at 5.31.38 AM

Screen Shot 2016-04-30 at 5.37.13 AM

Gambar 1 Visualisasi density map dan nodes para penulis skenario 1

Selanjutnya bila kita saring dengan kriteria paper yang memiliki hubungan sitasi, maka jumlah cluster berubah drastis menjadi hanya lima seperti pada dua gambar di bawah ini. Cluster paper berdasarkan topik (kata kunci) yang terdeteksi terdiri dari (lihat gambar paling bawah):

  1. fenomena termal air tanah (urban heat island)
  2. kualitas air di daerah urban (urban water quality)
  3. interaksi air sungai dan air tanah di daerah aluvial (groundwater-river water interaction)
  4. pemompaan air tanah (groundwater pumping)
  5. penurunan muka tanah (land subsidence)

Screen Shot 2016-04-30 at 5.41.26 AM

Screen Shot 2016-04-21 at 10.51.26 AM

 

 

 

 

 

 

 

 

Gambar 2 Visualisasi density map dan nodes para penulis skenario 2

FullSizeRender

 

 

 

 

 

Gambar 3 Skema tematik penulis

exwordcloud1

Gambar 4 Contoh word cloud hasil analisis Zotero-PaperMachines. Kata-kata dengan ukuran besar berarti memiliki frekuensi tertinggi.

keterkaitanKata

Gambar 5 Contoh keterkaitan kata kunci hasil analisis Zotero-PaperMachines. Anak panah yang tebal menunjukkan frekuensi keterkaitan hubungan kata yang lebih besar dari yang lain.

Daftar pustaka

  1. Van Eck, N.J. and Waltman, L. (2010). Software survey: VOSviewer, a computer program for bibliometric mapping. Scientometrics, 84(2), 523-538, [online] Available at: http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11192-009-0146-3 [Accessed 1 May 2016].
  2. Van Eck, N.J. and Waltman, L. (2010).Text mining and visualization using VOSviewer, ArXiv preprint:1109.2058, [online] Available at: http://arxiv.org/abs/1109.2058v1.
  3. Van Eck, N.J. and Waltman, L. (2013). VOSviewer manual book, [online] Available at: http://www.vosviewer.com/documentation/Manual_VOSviewer_1.6.1.pdf.
  4. Zahedi, Z. and Van Eck, N.J. (2014). Visualizing readership activity of Mendeley users using VOSviewer, Figshare reposity, [online] Available at:Visualizing readership activity of Mendeley users using VOSviewer. In altmetrics14: Expanding impacts and metrics, Workshop at Web Science Conference.
  5. Eck, N. J. P. and Waltman, L. (2009). VOSviewer: A computer program for bibliometric mapping (No. ERS-2009-005-LIS). ERIM Report Series Research in Management.
  6. Leeds University Library (2014), Bibliometrics: an overview, [online] Available at: https://library.leeds.ac.uk/downloads/file/265/bibliometrics_an_overview, [Accessed: 1 May 2016].
  7. Ziegler, B. (2016). Methods for Bibliometric Analysis of Research: Renewable Energy Case Study. [online] MIT library. Available at: http://web.mit.edu/smadnick/www/wp/2009-10.pdf [Accessed 4 May 2016].
  8. Thomson Reuters: publications. (2016). WHITEPAPER USING BIBLIOMETRICS: A guide to evaluating research performance with citation data. [online] Available at: http://ip-science.thomsonreuters.com/m/pdfs/325133_thomson.pdf [Accessed 4 May 2016].
  9. Fang, Y. (2004). Scientific research impact and data mining applications in hydrogeology. The Ohio State University. [online] Available at: http://dl.acm.org/citation.cfm?id=1048351 [Accessed 4 May 2016].
  10. Schwartz, F. and Ibaraki, M. (2001). Hydrogeological Research: Beginning of the End or End of the Beginning?. Ground Water, 39(4), pp.492-498.
  11. ZHAI Yuan-zheng, JIANG Shi-jie, TENG Yan-guo, WANG Jin-sheng, GU Hong-biao, XIE Liang, YIN Zhi-hua (2015). Thirty years (1984-2014) of groundwater science teaching and research in China: A dissertation-based bibliometric survey. (2016). Journal of Groundwater Science and Engineering, [online] 3(3), pp.222-237. Available at: http://gwse.iheg.org.cn/EN/abstract/abstract190.shtml [Accessed 4 May 2016].
  12. Zotero Team (2014). Zotero: a Citation Manager [Computer software]. Available at: http://zotero.org.
  13. Guldi, J. and Roberson, C.J. (2011), Paper Machines: Plugin to Zotero [Computer software]. Available at: http://papermachines.org/.

 

 

Bad wifi day

Kemarin adalah hari wifi buruk (bad wifi day) di prodi lantai 2. “Hotspot ITB” yang biasa berjalan normal, kemarin seperti sedang jalan jongkok, sementara ada beberapa referensi yang perlu dicari dan diunduh. Saya coba ganti moda ke koneksi via kabel (ethernet cable). Koneksi yang sudah agak lama tidak saya pedulikan. Kabel itu hanya menjuntai berdebu di lantai bawah meja saya. Kebetulan yang aktif adalah Macbook saya dengan OS Mac OSX Yosemite. Colok converter USB-ethernet, sambung kabel. Tunggu sekian lama sambil siap-siap mengisi data IP address. Nasib jelek, hingga saat nomor IP dimasukkan, koneksi tidak juga kunjung didapat.Ganti OS, jadi keputusan berikutnya. Siapa tahu sambungan internet hari ini lebih bersahabat dengan Windows. Saya nyalakan laptop yang lain, pilih OS Windows. Setelah mengulangi prosedur di atas, coba-coba oprek sana-sini. Nasib tetap sama. Sedikit malas sudah menyerang. Mau makan masih terlalu pagi. Akhirnya saya coba peruntungan dengan mengganti OS ke Ubuntu-Linux. Laptop saya memang sudah selalu terinstalasi dengan Linux sejak 15 tahun lalu. Masih berdampingan dengan OS “jendela” karena sulit juga bekerja sama dengan kolega lain yang masih fanatik dengan OS “empat kotak” itu. Bahkan partisi hard drive sudah tidak imbang, partisi Windows 1/3 ukuran partisi Linux. Walaupun untuk partisi data, sengaja saya masih menggunakan jenis WINFAT-32 yang konvensional agar dapat dibaca sekaligus oleh tiga jenis OS.    Restart laptop, kali ini saya pilih opsi Ubuntu di boot manager. Tunggu sebentar hingga masuk ke lingkungan Unity Desktop Manager. — Sedikit selingan, waktu booting Ubuntu, secara kasat mata lebih cepat dibanding Windows 8. Mungkin masih beda tipis dengan Windows 7, tapi jelas lebih cepat dibanding Windows generasi berikutnya. — Kembali ke masalah awal, setelah booting selesai, saya klik menu “disable wifi” di bagian atas menu bar, kemudian pilih “cable ethernet”, isi data proxy  server, seperti yang biasa saya lakukan di Mac OS dan Windows. Dan voila …. tanpa memasukkan data IP address, lupa lebih tepatnya, ternyata koneksi jaringan langsung berjalan. Jelas tanpa banyak setting ini-itu, OS Ubuntu mampu mengenali lingkungan jaringan dan mencoba melakukan koneksi. Saya lupa telah melakukan apa sebelumnya, tapi jelas waktu koneksi jadi lebih singkat tanpa banyak mengisi setting yang tidak perlu. Ingat saya bukan programmer :-).Jadi apa yang anda tunggu? Coba pindah ke Linux yang gratis, tidak pasaran, dan anda pastinya akan terlihat lebih keren, dibanding lapak sebelah. Baca juga:

  1. Reasons to choose and not to choose Linux
  2. Why Linux is better?

Salam,@dasaptaerwin

(image dipinjam dari: www.itsfoss.com)