Tentang data paper

Dua hari lalu saya hadir di acara Halal bi Halal ITB. Sambil menunggu penceramah naik mimbar, Prof. Dr. H. Mahmud, M.Si., Rektor UIN Sunan Gunung Djati, saya bercakap dengan beberapa dosen dan mengenalkan tipe makalah baru, data paper.

Apa lagi ini?

Bagi ibu dan bapak yang mendapatkan dana riset Dikti pasti familiar dengan kewajiban menuliskan laporan perkembangan dan laporan penggunaan dana menggunakan platform Simlitabmas. Bila kita melakukan mengisi laporan tersebut, pada dasarnya kita mempublikasikan hasil riset yang masih awal (early research outcome). Hanya saja platformnya masih tertutup, laporan tersebut tidak dapat dicari via mesin pencari misalnya.

Bila dirunut ke belakang lagi, proposalnya pun sebenarnya telah diunggah dengan cara yang sama. Pada tahun 2016, lebih canggih lagi (menurut saya), platform Simlitabmas yang baru telah memungkinkan agar metadata riset tersimpan secara sistematis. Dengan cara ini, maka data pengusul riset (nama pertama, kedua, dst), afiliasinya, dll dapat dicari dengan mudah di server Simlitabmas. Ini akan lain bila nama-nama pengusul, teks, tabel dll, menyatu dalam file pdf atau docx.

Upaya Dikti ini sebenarnya sudah sejalan dengan tren saat ini untuk mempublikasikan setiap langkah dalam riset.

Apa lagi metadata ini? Kita bicarakan pada kesempatan lain. Kalau saya lupa. Mohon diingatkan.

Kembali ke data paper. Data paper sebenarnya adalah paper/makalah yang merupakan cover letter dari tabel data mentah yang ada di halaman belakangnya. Paper tipe ini muncul atas beberapa tuntutan dunia, yakni:

  • peneliti memerlukan data yang terbuka dan siap direproduksi atau direplikasi (reproducibility and replication). Seringkali kita menemukan data yang bahkan untuk diplot ulang saja susah. Harus didigitasi ulang dsb. Buat orang dengan mata minus berat seperti saya, ini jadi kendala besar. Peneliti memiliki kepentingan untuk memverifikasi dan mengkonfirmasi proses riset yang dilakukan oleh peneliti sebelumnya, bahkan terhadap datanya. Pertanyaan yang biasa kita temui berkaitan dengan data adalah: data diambil di mana, kapan, bagaimana caranya, bagaimana cara mengujinya di laboratorium dst.
  • dunia riset memiliki dana yang terbatas. Bila data mentah riset dapat tersedia secara online, dapat diunduh dari dirujuk, dan dianalisis dari sudut pandang yang lain, maka jutaan rupiah dapat dihemat.
  • dunia riset ingin terus mendorong terjadinya good research practices melalui keterbukaan terhadap data dan pemrosesannya.

Bila data telah dipublikasikan menjadi data paper, maka data dapat disitasi secara formal seperti halnya dokumen skolar lainnya, misal buku, makalah dalam jurnal, atau makalah dalam seminar. Terlihat mudah, tapi kenyataannya tidak.

Pihak editor mereview makalah dengan menguji validitas data dengan pertanyaan, “apakah data dapat direproduksi dengan baik?” Berawal dari koordinat data, harus dapat diplot ulang oleh mereka. Kita harus bolak-nalik mengkonfirmasi lokasi titik sumur apakah sudah benar atau ada yang masih meleset. Berikutnya, masing-masing parameter yang diukur di lapangan dan di laboratorium harus benar proses pengambilan dan pengujiannya di laboratorium. Kita diminta melihat kembali standar pengujian air dari US-EPA atau standar lain yang berlaku di Indonesia (dalam hal ini SNI). Dan seterusnya dan seterusnya.

Menarik bukan.

Mengapa data harus dirujuk? Berikut saya cuplikan rujukan dari USGS.

Data citation is important for a number of reasons.

  • First, citing datasets gives the researcher proper credit and serves as recognition of scholarly effort. It also gives credit to data stewards and repositories who manage the data presumably for the long term. Data citation also creates accountability for creators and stewards of the dataset and reduces the danger of plagiarism once the dataset itself has been properly cited.

  • Second, data citation allows others to more easily locate and access a researcher’s dataset for the purposes of replicating or verifying their results, which is good scientific practice. Additionally, easy location and access can facilitate discovery and encourage possible reuse of the dataset.

  • Lastly, the practice of data citation creates a formalized system of recognition and reward to data producers as a citable contribution to the scientific community. Data citation allows the impact of the dataset to be easily tracked through publications that cite the dataset. This system of citing data formally in publications can increase the transparency of data production as well as encourage the production of more high quality datasets.

Apakah ada contohnya?

Alhamdulillah ada, tadi malam, saya dan Pak Thomas (Dosen Geologi Undip) baru menerima ‘acceptance letter’ dari Journal Earth System Science Data terbitan Copernicus Publishing yang berafiliasi dengan European Geosciences Union (EGU). Abstraknya kira-kira seperti ini.

Screen Shot 2016-07-23 at 9.10.25 AM

 

 

 

 

 

Beberapa contoh best practice dari USGS adalah sebagai berikut:

  • Engott, J.A., 2015, Mean annual water-budget components for the Island of Oahu, Hawaii, for average climate conditions, 1978-2007 rainfall and 2010 land cover: U.S. Geological Survey Data Release, http://dx.doi.org/10.5066/F7XP72ZX.
  • Catchings, R.D. Strayer, L.M. Goldman, M.R. Criley, C.J. Garcia, S.H. Sickler, R.R. Catchings, M.K. Chan, J.H. Gordon, L. Haefner, S. Blair, L. Gandhok, G. and Johnson, M., 2015, 2013 East Bay Seismic Experiment (EBSE)–implosion data, Hayward, Calif.: U.S. Geological Survey Data Release, http://dx.doi.org/10.5066/F7BR8Q75.
  • Zwally, H.J., R. Schutz, C. Bentley, J. Bufton, T. Herring, J. Minster, J. Spinhirne, and R. Thomas. 2003. GLAS/ICESat L1A Global Altimetry Data V018, 15 October to 18 November 2003. National Snow and Ice Data Center. dataset accessed 2011-07-21 at doi: http://dx.doi.org/10.3334/NSIDC/gla01.

Masih tentang Scopus

Assalamu’alaikum wrwb

Post ini diawali kemarin pagi dengan diskusi mengenai tingginya biaya berlangganan jurnal dan juga layanan Scopus dengan pimpinan saya.

Scopus mestinya diutamakan untuk mencari rujukan bukan sebagai indikator utama untuk menentukan kualitas jurnal, apalagi kualitas makalah, apalagi kualitas kepakaran seseorang. Posisikan perusahaan-perusahaan pengindeks ini sesuai kapasitasnya.

Kenapa saya berpendapat seperti itu?

Karena memang Scopus itu adalah sebuah database saintifik yang sangat besar. Makalah-makalah yang mungkin berasal  dari tahun 60’an (atau bahkan lebih tua lagi) hingga terbaru ada di sana. Ini adalah sumberdaya yang sangat potensial dan bermanfaat buat para peneliti bila tahu cara menggunakannya. Tautan ini berisi tutorial Scopus dari Univ Aberdeen yang cukup mudah diikuti. Semoga ITB sudah punya ya.

Scopus juga punya tools analyze results yang dapat mengolah data paper-paper yang kita cari berdasarkan asal negara, afiliasi penulis, dll. Ini sangat penting untuk para mahasiswa juga (S1, S2, dan khususnya S3) untuk dapat memposisikan risetnya dengan riset-riset sebelumnya.

Scopus sebenarnya adalah sebuah etalase besar dari para penerbit/publisher.

Kenapa saya bilang begitu?

Karena memang Scopus mengindeks jurnal-jurnal yang diterbitkan oleh berbagai lembaga dan juga even konferensi yang diselenggarakan oleh berbagai lembaga. Mereka mendaftarkan media yang mereka kelola ke Scopus yang dimiliki oleh Elsevier. Jadi Scopus itu dibuat untuk memudahkan mencari makalah yang terserak di berbagai jurnal, ke dalam satu portal. Tidak lebih.

Anda mungkin bertanya, “lho kalau Scopus itu milik Elsevier, kenapa kok mereka memasukkan jurnal-jurnal dari penerbit lainnya ke dalam database mereka?”

Itulah pintarnya Elsevier, ia ingin menguasai alur publikasi saintifik dari hulu — Elsevier sebagai penerbit berhubungan langsung dengan penulis — hingga ke hilir — berhubungan dengan para pembaca/pengguna/pencari informasi.

Pertanyaan berikutnya mungkin, “Bila suatu institusi berlangganan layanan Scopus, apakah artinya juga berlangganan jurnal-jurnal di dalamnya?”

Jawabnya pasti tidak. Mungkin “iya” untuk jurnal-jurnal terbitan Grup Elsevier, tapi jelas “tidak” untuk jurnal terbitan penerbitan lain. Mereka pasti sudah menghitung untung ruginya.

Oleh karenanya, institusi pendidikan sangat berat bebannya. Ini bukan hanya keluhan universitas di Indonesia (termasuk ITB), juga universitas di LN. Mereka ini jelas membelanjakan banyak uang untuk urusan ini. Dan mohon diingat, anggaran ini harus keluar tiap tahun.

Dan setelah beberapa saat ada beberapa komentar yang menarik, sehingga saya tulis bagian yang ini.

… tapi banyak universitas yang masih memandang bahwa jurnal yang terindeks lembaga ini lebih terhormat dibanding yang tidak terindeks…, bahkan LPDP membuat standar sitasi oleh Scopus sebagai salah satu kriteria seleksi pemberian insentif makalah intl….

Nah di sinilah mulai kondisi menjadi tidak sehat, dan mungkin juga dimanfaatkan oleh Scopus. Ia diposisikan sebagai lembaga yang menjaga  kualitas jurnal dan menentukan mana kualitas jurnal yang baik dan mana yang jelek. Kalau ditilik-tilik, sebenarnya kriteria Scopus tidak ada yang spesial. Semua pengelola jurnal juga sudah paham tentang kriteria ini, dengan atau tanpa Scopus.

Roda Scopus pun terus bergulir

Institusi mulai mensyaratkan bahwa artikel yang berbobot perlu/harus/sebaiknya dimuat di media terindeks Scopus. Berikutnya, bahkan lembaga yang akan memberikan insentif (secara terseleksi tentunya) juga mensyaratkan bahwa makalah yang diajukan harus disitasi oleh lebih dari sekian paper. Jumlah sitasinya juga harus menurut Scopus.

Untuk hal yang terakhir ini, saya berandai-andai, apakah pengelola lembaga pemberi insentif itu tahu bahwa yang dimaksud “data sitasi Scopus” adalah hitungan sitasi artikel yang dimuat dalam sesama jurnal yang masuk database Scopus. Artinya sangat sempit bukan. Sementara hitungan sitasi lainnya, seperti oleh Google Scholar (yang seringkali lebih banyak dibanding Scopus), tidak digunakan, bahkan diabaikan.

Wawasan saya memang belum luas, tapi pastinya ada banyak jurnal di luar sana yang berkualitas dan bereputasi baik, tapi karena suatu hal (biasanya dana) mereka tidak mendaftarkan diri ke Scopus.

Selanjutnya impact factor (IF) juga mengalami mis-persepsi yang sama.

..to some extent scoring IF juga disalah-persepsikan sama dengan terindeks Scopus. Bahwa jurnal yang tidak ber-IF dinilai lebih rendah kualitasnya dari yang punya IF. Sekarang ada indikator baru yang lebih egaliter “Altmetrics”.

Apakah Altmetric itu? Silahkan lihat di sini.

Masih mengenai Altmetric, perkenankan saya mencuplik bagian kesimpulan dari paper ini. Makalah ini kalau dibaca lengkap kira-kira menceritakan bagaimana Altmetric bekerjasama dengan berbagai institusi untuk melacak dampak publikasi para stafnya. ITB kapan?

Altmetrics providers are keen to work with scholarly publishing and institutional repository communities to develop the quality and breadth of persistent identifiers and standard metadata fields. During Altmetric’s work to develop automated item tracking processes, version disambiguation techniques and integrating with a range of publication systems, we identified a number of benefits and potential improvements to the existing practices as described above. However, an overwhelming finding is by connecting Altmetric to existing institutional publication systems, builders of altmetric tools are able to offer low barrier entry to altmetrics at the institutional level to enable deeper impact analysis and uncover conversations about research across broader society.

Bereksperimen dengan jurnal open access dan low APC (article processing cost).

Karena kawan-kawan twitter saya aktif mengenalkan berbagai media open access generasi baru, seperti PeerJ, PLOS, F1000Research, RioJournal (Research Ideas and Outcome) dan ScienceOpen, maka saya pun mencobanya.

Dua artikel saya yang terakhir di Scienceopen dan RioJournal — kedua media ini tidak menganut aliran IF (dan tidak mendaftarkan ke Scopus) — memiliki kenaikan hitungan jumlah pembaca (readers count) yang lumayan. Dalam seminggu sudah ada hampir 800 pembaca yang terukur di Altmetrics.

Saya tidak bilang bahwa artikel saya bagus, tapi bukankah ini merupakan salah satu contoh bahwa ada indikator lain yang lebih obyektif dibanding yang sering kita pakai sekarang.

Saya memang sedang bereksperimen di jurnal-jurnal open access (apa ini? silahkan baca F1000Research) ini. Saya utamakan yang mereka memberikan diskon atau bahkan waivery kepada penulis dari negara-negara berkembang. Dua yang sudah terbit. Berikut adalah tautannya: ScienceOpen (doi: 10.14293/S2199-1006.1.SOR-LIFE.AH9PUY.v1) dan RioJournal (doi: 10.3897/rio.2.e9841).

Kedua media di atas walaupun tidak terindeks Scopus dan tidak punya IF, tapi mereka terdaftar di DOAJ dan Sherpa Romeo, sekaligus juga tidak masuk ke daftar hitam (yang bersifat subyektif) Beall’s list.

Setelah ini ada dua lagi yang sedang antri, yakni di Earth System Science Data (terbitan Copernicus) dan Facets Journal (terbitan Canadian Science Publishing).

Yang terakhir saya lanjutkan dengan post ini…
Ibu dan Bapak, saya tidak anti Scopus dan IF. Saya juga masih ada makalah yang antri di jurnal jalur itu. Hanya saja saya juga sendang bereksperimen saintifik di jalur selain itu, yang lebih rasional dan tidak berbiaya tinggi.
Saya persilahkan juga untuk membaca beberapa rujukan sebagai berikut:
  • slide saya tentang Science Communication: beyond Impact Factor dan Scopus IndexF1000Research.
  • Towards an open science publishing platform — F1000Research.
  • Single Figure Publications: Towards a novel alternative format for scholarly communication — F1000Research.

Finally ‘in layout’ on RioJournal

Another news from our group: a paper is coming up on RioJournal (Research Ideas and Outcomes).

Our bibliometric paper Bibliometric study to assist research topic selection: a case from research design on Jakarta’s groundwater (part 1) has passed technical review and is currently ‘in layout’ phase.

The paper is under `single media publication`. Others would say `brief communication`. It’s a short 1000 words paper containing one figure and one table.

We had a hard but yet great time to squeeze our results to fit in 1000 words. The paper is citing a dataset folder on Figshare, a free repository, hosting our dataset and high resolution images. This technique is fairly new, especially among Indonesian scientists, but a hit in another part of the globe.

Our spirit is far from bragging, but we are here to share our experience and technique. And by the way, part 2 is on its way.

Happy writing. #sharingnotbragging

Bagaimana cara membaca (menelaah) makalah akademik

 

Membaca (menelaah) makalah akademik

Dokumen ini adalah translasi dari dokumen berjudul Reading Papers yang ditulis oleh J.T. Leek (JTL) untuk para mahasiswa dalam grup risetnya, yang telah diunggah di repository Githubnya. JTL ini adalah dosen di John Hopkins Bloomberg School of Public Health. Kuliah masifnya tentang data analysis di Coursera sangat terkenal. Para pembaca yang budiman dipersilahkan google sendiri ya. Artikel ini awalnya ditulis untuk menanggapi tweet dari Amelia McNamara. Daripada menanggapi secara pribadi, JTL memutuskan untuk membuat blog post dalam format Markdown untuk khalayak umum. Artikel aslinya ada di sini.

Moral of the story dari upaya saya ini adalah untuk memberikan gambaran kepada rekan-rekan dosen/peneliti, bahwa paper/publikasi formal adalah hanya salah satu dari output kegiatan kita. Pesan yang kedua adalah kalau ada rekan yang dengan semangat menyampaikan putput kegiatannya, itu bukanlah narsis, my friend, that is called Publish and Publicize. Itu adalah bagian dari Science Communication. Silahkan baca tweet saya pagi ini dan slide saya ini.

Beberapa panduan lainnya yang telah ditulis oleh JTL adalah sebagai berikut:

Saya juga menggunakan panduan-panduan di atas untuk kegiatan akademik saya

Mengapa kita perlu membaca makalah?

Makalah akademik masih menjadi moda utama untuk penyebaran informasi saintifik kepada dunia. Walaupun saat ini banyak moda lainnya, melalui kode program, blog, atau twitter, namun demikian makalah masih merupakan standar untuk melaporkan temuan-temuan saintifik yang baru.

Apa yang seharusnya anda baca?

Beberapa item berikut hanya relevan untuk bidang kesehatan.

Jawabannya akan sangat bergantung kepada bidang anda masing-masing. Berikut ini adalah beberapa kategori jurnal yang umum dijumpai.

  • Majalah saintifik: mirip jurnal Nature, PNAS, dan Science mempublikasikan makalah yang sifatnya “terobosan” yang diminati oleh pembaca umum. Dengan demikian, paper-paper dalam media ini ditulis dalam bahasa yang lebih ringan (tidak terlalu teknis), sehingga dapat dibaca dan dipahami oleh pembaca dari berbagai bidang ilmu. Hal ini juga berarti bahwa banyak makalah penting yang dipublikasikan oleh jurnal ini. Di sisi sebaliknya, penulis biasanya akan ditekan keras untuk menginterpretasi datanya, sehingga terlihat sebagai sebuah “terobosan”. Dampak akhirnya adalah jumlah paper yang ditolak pun akan tinggi, baca juga artikel ini.
  • Majalah kesehatan: Di bidang ilmu kesehatan ada jurnal jenis ini seperti New England Journal of Medicine dan Journal of the American Medical Association. Mereka punya nilai lebih sama dengan majalah saintifik, tapi dengan nilai kesehatan yang lebih tinggi (sedikit lebih spesifik).
  • Mega journals: Jurnal-jurnal seperti PLoS One dan Peerj juga mempublikasikan makalah dalam area yang luas. Kriteria review-nya lebih fokus kepada kebenaran, tanpa harus terlihat sisi kebaruannya. Dengan demikian paper yang dimuat akan sangat beragam.
  • Jurnal saintifik bidang khusus: Jurnal ilmiah yang umumnya ada tidaklah masuk kategori sebagai mega-journals atau majalah. Jurnal-jurnal ini biasanya lebih spesifik, menceritakan hal-hal detil, dan sangat berat dari sisi teknis. Pada jurnal-jurnal jenis inilah kebanyak makalah ilmiah diterbitkan. Paper-paper yang terbit tidak menitikberatkan pada sisi terobosannya, tapi isinya dapat lebih dipercaya. Di bidang biostatistik dan kesehatan masyarakat, contoh jurnal ini adalah Biostatistics atau Biometrics.
  • Makalah seminar/konferensi: Beberapa bidang keilmuan ada yang cenderung menerbitkan publikasi pendek (ter-review) yang disampaikan dalam acara konferensi. Makalah-makalah jenis ini akan bersifat teknis serta menyampaikan hal-hal terbaru dan yang paling menarik sesuai lingkup konferensinya, seperti NIPS. Makalah jenis ini walaupun detil tapi disampaikan dalam bahasa yang lebih ringan, biasanya tidak mencantumkan kode program atau data secara detil, sehingga sulit untuk diikuti dan direplikasi.

Bagaimana cara menemukan bahan bacaan?

Berikut ini adalah cara terbaik untuk menemukan bahan bacaan:

  • Jurnal website adalah tempat terbaik untuk memulainya. Berikut ini adalah contoh daftarnya Daftar jurnal ilmiah.
  • Anda juga dapat membaca makalah yang tersedia di menggunakan agregator situs, seperti Pubmed Central

Saat ini banyak sekali yang dapat anda gunakan, seperti DOAJ, Google Scholar, atau platform riset open access seperti Scienceopen.

Masalah utama biasanya muncul untuk jurnal-jurnal yang berbayar (paywalled). Anda harus membayar untuk dapat membaca artikel. Saat ini banyak jurnal-jurnal yang open access atau repository pre-print. Makalah-makalah pre-print belum menjalani peer review, tapi kebanyakan akan berakhir sebagai makalah di jurnal-jurnal ilmiah. Hal yang menyenangkan adalah paper pre-print sering menjelaskan riset-riset terbaru dan gratis untuk dibaca. Dua server pre-print yang sangat terkenal adalah: bioRxiv dan arXiv.

Open access dan tagar #icanhazpdf

Dalam hal ini silahkan membaca juga blog saya tentang cara mendapatkan artikel ilmiah.

Satu hal yang membuat frustasi adalah banyaknya makalah berbayar, yang kebetulan tidak dilanggan oleh universitas. Biaya yang kita bayar karena jurnal tersebut berjenis close access dan mereka bergantung kepada uang yang dibayarkan pembaca atau institusi yang melanggannya.

Saat ini anda dapat membaca paper secara gratis pada beberapa tempat berikut ini:

  • Jurnal open access (jurnal yang membebankan biaya kepada penulis, bukan pembaca) seperti PLoS journals, Peerj, dll,
  • Server pre-print seperti bioRxiv and arXiv,
  • Agregator seperti Pubmed Central,
  • Website/blog pribadi penulis yang terkadang mengunggah versi draft dari makalah mereka.

Jadi bila anda kebetulan menemukan makalah menarik yang berbayar, maka pertama kali anda harus cek apakah penulisnya memiliki makalah versi pre-print atau cek blog pribadinya. Bila masih tidak beruntung, anda bisa kapan saja mencoba mengirimkan email secara pribadi langsung kepada penulis untuk meminta soft copy makalahnya.

Sekarang sudah ada Researchgate yang membantu proses permintaan makalah ini (dengan asumsi, penulis memiliki profil di jejaring ini).

Cara yang lebih modern adalah menggunakan tagar Twitter dan meA more modern approach that has sprung up is something called #icanhazpdf di media sosial Twitter. Dengan cara ini anda dapat meminta kepada masyarakat umum yang mungkin memiliki pdf makalahnya dan berkenan membaginya kepada anda. Bila anda telah mendapatkan kirimkan makalanya, maka etikanya, anda harus menghapus tweet tersebut. Cara ini walaupun saat ini sudah sangat umum, tetapi ada beberapa pihak yang menyarankan agar tetap berhati-hati karena komunikasi di media Twitter bersifat terbuka, tidak pribadi seperti email.

Simak juga akun twitter saya @dasaptaerwin.

Seberapa banyak yang perlu anda baca?

Makalah ilmiah terbit secara terus-menerus. Ribuan diterbitkan per tahun, termasuk ratusan pada bidang-bidang tertentu. Kecuali anda menghabiskan seluruh waktu anda dalam sehari, maka andaJTL mengikuti dengan perkembangan seluruh paper yang terbit. Pilihnya makalah yang paling menarik dan sesuai dengan minatia . Oleh karenanya anda perlu belajar bagaimana cara mencarinya menggunakan kata kunci yang tepat. Sains sangat menakjubkan, jadi jangan menghabiskan waktu untuk hal-hal yang menjemukan.

Secara umum ada dua cara utama untuk mencari makalah yang anda minati. Cara JTL adalah dengan menggunakan agregator dengan RSS feeds dari jurnal yang saya sukai, kemudian ia menggunakan proporsi waktu berikut untuk mengevaluasi tiap papernya:

  • 100% – baca judulnya
  • 20-50% – baca abstraknya
  • 5-10% – lihat beberapa gambar/caption dan tabel
  • 1-3% – baca makalahnya secara lengkap

Cara yang lebih baru adalah mem-follow akun twitter agregator, misal bioRxiv dan beberapa orang yang memiliki minat yang sama. JTL mengikuti daftar makalah yang ditweet oleh agregator, dan bila ada paper yang sama ditwit beberapa kali, maka biasanya ia akan membaca makalah yang ditweet itu.

Membaca makalah – bagian abstrak/judul

Masing-masing orang akan beda strategi dalam membaca makalah. Pertama JTL akan membaca judul dan abstrak untuk menangkap kesan (a) mengapa makalah ini menarik menurut penulisnya dan (b) apa hasil utamanya. Ia melakukannya untuk menilai apakah perlu untuk membacanya secara lengkap. Perlu diingat bahwa ia tidak menilai kualitas makalahnya, tetapi untuk menilai apakah makalah itu menarik atau tidak.

Membaca makalah – bagian gambar (dan tabel)

Bila suatu makalah ia nilai menarik dari judul/abstraknya, maka selanjutnya disarankan untuk mempelajari gambar-gambar (dan tabel) serta keterangannya. Seperti yang telah ia tulis dalam makalah yang lain my guide to writing papers, bahwa gambar-gambar harus selaras dengan alur makalah dan harus memiliki keterangan gambar secara deskriptif.

Harapannya, gambar-gambar yang ada di dalamnya mudah dipahami. JTL biasanya mencari “kisah” yang diceritakan penulis. Dalam kasus makalah statistik atau komputasional, ia juga mencari perbandingan metode yang ada dalam suatu makalah dengan metoda yang telah digunakan dalam paper-paper sebelumnya, serta bagaimana berbagai metode tersebut saling mendukung satu sama lain.

Membaca makalah – Bagian Pendahuluan

Bagian ini biasanya dilewati, karena biasanya merupakan pengembangan dari abstrak dan seringkali banyak mengandung opini penulis dibandingkan fakta.

Pengecualian untuk makalah dalam bidang yang tidak familiar, maka JTL menyarankan untuk membaca Bab Pendahulannya secara utuh, terutama bagian yang mengulas penelitian-penelitian sebelumnya. Dan bila masih tidak paham, maka JTL akan melacaknya hingga ke bagian referensi.

Membaca makalah – Bagian Metode/material tambahan

Setelah membaca bagian pendahuluan dan merasa masih tertarik, maka JTL akan menghabiskan banyak waktu di hingga bagian metode dan data tambahan (supplementary materials), karena di bagian ini mengandung porsi saintifik terbesar. Ia menceritakan bagaimana penulis melakukan eksperimen, menganalisis data, dan bagaimana mereka membangun argumen yang mendukung kesimpulan. Beberapa hal yang saya cari di bagian ini antara lain:

  • Apakah penulis menceritakan dengan jelas bagaimana data diambil?
  • Apakah mereka menjelaskan dengan jelas bagaimana analisis data dilakukan?
  • Apakah mereka menunjukkan posisi data (mentah) agar verifikasi dapat dilakukan oleh pembaca?
  • Apakah penulis menjelaskan tahapan proses dan rujukan makalah sebelumnya?

Setelahnya, anda dapat menilai secara lebih kritis apakah penulis melakukan penelitian dengan baik atau tidak. Penilaian ini akan berkaitan dengan kepakaran dan pengalaman kita.

Membaca makalah – Bagian Hasil

Bila penulis menyusun tulisannya dengan baik dan mereka menyampaikan gambar/ilustrasi yang mampu bercerita, maka pembaca akan lebih mudah mencerna hasil riset dalam suatu makalah, karena hasil riset akan banyak terkandung di dalam gambar (dan tabel). Tapi disarankan untuk membaca bagian ini dengan lebih rinci untuk mengantisipasi butir-butir yang tidak terekam dalam gambar. Kemudian isi bab ini perlu dibandingkan dengan bab metode untuk melihat benang merah diantara keduanya.

Membaca makalah – Bagian Kesimpulan

Seperti halnya Bab Pendahuluan, JTL biasanya tidak membaca Bab Kesimpulan. Bab ini biasanya adalah rekapitulasi apa yang telah dilakukan di bagian-bagian sebelumnya ditambah dengan sedikit ulasan, bagaimana hasilnya dapat memenuhi lingkup yang lebih luas.

Pesan khusus

Satu hal yang perlu diingat adalah bahwa perkembangan sains seringkali lambat, konstan, dan bertahap. Tetapi ada tekanan sangat besar bagi para saintis untuk menghasilkan “terobosan” (baca juga artikel JTL ini “i got a big one here” fallacy). Saat membaca makalah, anda harus berprasangka baik. Bila ada penulis yang berpendapat bahwa ia dapat menyembuhkan kanker atau menemukan kehidupan di Mars atau teori canggih lainnya, maka anda perlu meyakini kepakarannya, kecuali ada bukti yang sebaliknya.

Jelaskan (apa yang telah anda pahami) kepada orang lain

Membaca makalah akademik adalah cara yang bagus untuk menangkap perkembangan ilmu. Tapi umumnya kita belum yakin tentang apa yang telah dipahami sebelum kita mampu menjelaskannya kepada orang lain, dan membuatnya paham. Maka JTL menyarankan untuk mendiskusikan suatu makalah dengan beberapa orang, misalnya dengan membentuk journal club.

Saat ini ada situs jejaring reviewer bernama Publons. Situs ini beranggotakan para peneliti yang membuat hasil reviewnya terhadap suatu dokumen ilmiah. SKor diberikan untuk orang yang telah membagikan hasil reviewnya. Coba anda kunjungi.

Cari tahu apakah orang lain telah membaca makalah yang sama

Banyak makalah yang dinilai menarik oleh beberapa orang, juga dinilai bagus oleh sebagian pembaca yang lainnya. Satu cara yang baik untuk melihat apakah suatu makalah telah didiskusikan oleh banyak orang, adalah dengan mencari apakah ada blog yang telah membahasnya. Blog mengandung pendapat penulisnya (pemilik blog), sehingga sifatnya sangat subyektif. Oleh karenanya selain membaca pendapat yang mendukungMembaca makalah akademik adalah cara yang bagus untuk menangkap perkembangan ilmu. Tapi umumnya kita belum yakin tentang apa yang telah dipahami sebelum kita mampu menjelaskannya kepada orang lain, dan membuatnya paham. Maka JTL menyarankan untuk mendiskusikan suatu makalah dengan beberapa orang. Cara yang paling baik adalah dengan membentuk journal club.

Saat ini ada situs jejaring reviewer bernama Publons. Situs ini beranggotakan para peneliti yang membuat hasil reviewnya terhadap suatu dokumen ilmiah. Skor diberikan untuk orang yang telah membagikan hasil reviewnya. Coba anda kunjungi.

Post ini dibuat dengan Markdown (md) syntax menggunakan editor online Dillinger. File source md dapat diunduh di repository Github ini.

 

Starting a PhD by curating a “paper collection” part 1

The following post was motivated by my old habit when I was finishing my master and starting a PhD few years back. My school years was the start of internet era in my university, Institut Teknologi Bandung. It was 1999-2005. I pursued my master in 1999-2001, so it’s kind of the middle between “a non-url era” to “dot.com” time. I collected papers for my master thesis as well as preparing topics for my PhD. In those days my paper collection was literally a collection of papers, stacked on the corner of my desk. I will snap it and post it if I had time to visit my old desk.

That habit is going strong with more open repository site and research platform offering tools to build and curate paper collection. One of them is ScienceOpen (and perhaps more sites like this with different field of science), an open access research platform. This morning I added one more collection on that site, adding my previous Hydrology collection.

My new ScienceOpen collection is on Indonesia Family Life and Health Survey. It gathers papers, which mostly were built upon IFLS data set launched by RAND Corp. All of the papers are open access.

My motivation was to gain more knowledge current state of Indonesian family life and health, build a scientific network to explore Indonesia research landscape and as a basis for my future research on the role of continuing water supply to family health state based on IFLS data set. Hoping to learn more from the community and trigger more collaborations.

Thank you ScienceOpen for making this activity so easy and joyful. All early PhD students should do this to help them formulate a thinking framework and choose several topics. Here’s the link to the collection.