Tag Archives: open science

Saatnya melakukan review terhadap peer review

Karena peer review adalah juga obyek untuk direview.

Beberapa tahun lalu, saya mengikuti ceramah umum dari Prof. Djoko T. Iskandar, yang salah satunya menceritakan makalah beliau yang ditulis oleh lebih dari 40 orang. Tahun ini saya mengalaminya juga :).

Continue reading Saatnya melakukan review terhadap peer review

Calling out an open public peer review: a social experiment

Calling out an open-public-peer review!
(mohon maaf bila sudah membaca posting ini via saluran lain)

Berikut ini adalah tautan draft makalah saya bersama beberapa kolega yang akan dikirimkan ke Jurnal Sostek ITB (terakreditasi Dikti).

Mohon dapat dilakukan review bersama secara terbuka untuk kemudian menjadi bahan kami merevisi versi finalnya sebelum dikirimkan ke jurnal.

Tautan: https://goo.gl/6X1eb2 .

Mengapa saya melakukan ini?

1) Karena terus terang saja, ada alasan administrasi bahwa untuk pengusulan jabatan ke LK diwajibkan untuk menerbitkan makalah pada jurnal nasional terakreditasi. Saya bisa paham alasannya dan akan saya tulis sebagai blog post kapan-kapan.

2) Saya ingin bereksperimen sosial, apakah publik masih berkenan memberikan komentar konstruktif pada karya ilmiah, selain berkomentar tentang situasi politik.

Apa syarat untuk memberikan review?

Satu-satunya syarat adalah anda harus membaca makalah terlebih dahulu. Selebihnya bebas! Selama bersifat konstruktif dan semua pertanyaan wajib diisi.

Di mana anda bisa mengirimkan review?

Agar saya dapat mentrack review dengan mudah, mohon agar tidak menuliskannya sebagai komentar di media sosial. Sebisa mungkin anda dapat memasukkan review ke tautan Google Forms ini https://goo.gl/qaQSKB . Karena sifatnya terbuka, maka anda dihimbau untuk memberikan identitas juga.

Sampai kapan durasinya?

Saya memberikan waktu s/d 23 Juni 2017.

Review rekan-rekan semua akan dikirimkan ke redaksi sebagai lampiran dari makalah.

Semoga berkenan dan terimakasih sebelumnya.

PS: agar review anda mendapatkan DOI, saya menghimbau juga agar file review dapat diunggah ke Figshare.

Berbagai indikator riset saat ini

Berikut ini adalah bagian dari makalah bersama kami “Penerapan open science di Indonesia agar riset lebih terbuka, mudah diakses, dan meningkatkan dampak saintifik“, yang sementara ini ditulis oleh: Dasapta Erwin Irawan, Hendy Irawan, Cut Novianti Rachmi, Juneman Abraham, Kustiati Kusno, Mochammad Tanzil Multazam, KeuKeu Kaniawati Rosada, Septriono Hari Nugroho, Galih Kusumah, Defny Holidin, Nurhazman Abdul Aziz… (daftar masih berlanjut, silahkan berkontribusi di tautan ini)

Berikut ini adalah beberapa indikator hasil riset yang selama ini kita kenal, seperti laporan, dataset, makalah, poster, dll:

Continue reading Berbagai indikator riset saat ini

Serial Workshop Open Science

oa

 

 

 

Saya bersama rekan-rekan dari Penerbit ITB dan Perpustakaan Pusat ITB berinisiatif (tepatnya memberanikan diri) untuk melaksanakan “Serial Workshop Open Science”. Workshop ini akan terdiri dari beberapa topik:

  • Topik 1: Introduction to open science: streamlining your workflow
  • Topik 2: Open data: how to make your data fully citeable and reuseable
  • Topik 3: Open method: how to ensure make your research reproducible and citeable
  • Topik 4: Open source tools: open source apps for your disposal
  • Topik 5: Open access: how to make your research fully open access

Topik pertama akan dilaksanakan pada

Hari/tanggal: Kamis, 4 Agustus 2016 pukul 09-11am.

Tempat: Ruang Seminar Perpustakaan Pusat ITB

Peserta dapat berkoordinasi dengan Bu Kustiati Kusno, PhD candidate dari SITH via email kustiati.khusnan [@] gmail [.] com.

Dalam workshop ini secara berurutan akan dikenalkan:

  • konsep open science,
  • bagaimana melaksanakannya,
  • piranti apa saja yang diperlukan, dan
  • bagaimana mempublikasikan hasilnya.

Starting a PhD by curating a “paper collection” part 1

The following post was motivated by my old habit when I was finishing my master and starting a PhD few years back. My school years was the start of internet era in my university, Institut Teknologi Bandung. It was 1999-2005. I pursued my master in 1999-2001, so it’s kind of the middle between “a non-url era” to “dot.com” time. I collected papers for my master thesis as well as preparing topics for my PhD. In those days my paper collection was literally a collection of papers, stacked on the corner of my desk. I will snap it and post it if I had time to visit my old desk.

That habit is going strong with more open repository site and research platform offering tools to build and curate paper collection. One of them is ScienceOpen (and perhaps more sites like this with different field of science), an open access research platform. This morning I added one more collection on that site, adding my previous Hydrology collection.

My new ScienceOpen collection is on Indonesia Family Life and Health Survey. It gathers papers, which mostly were built upon IFLS data set launched by RAND Corp. All of the papers are open access.

My motivation was to gain more knowledge current state of Indonesian family life and health, build a scientific network to explore Indonesia research landscape and as a basis for my future research on the role of continuing water supply to family health state based on IFLS data set. Hoping to learn more from the community and trigger more collaborations.

Thank you ScienceOpen for making this activity so easy and joyful. All early PhD students should do this to help them formulate a thinking framework and choose several topics. Here’s the link to the collection.

 

 

Laci bukan data repository: tulisan ringkas mengenai pentingnya open data

Mungkin sedikit norak ya. Tapi kaget jg saat tweet tentang open data repository direspon oleh seorang peneliti dari CERN.
Silahkan memantau komunikasinya diakun @dasaptaerwin.
—-
Selain masalah asuransi yg sedang hangat (padahal sebenarnya biasanya saja dan akibat kurang nanya), di grup lain jg sdg ramai masalah university data repository.

Menurut grup itu semua data riset yang public domain (bukan hanya laporannya ya) dapat disimpan secara aman, mudah diakses dan yang lebih penting citeable (karena punya DOI). Data riset yang dibiayai oleh negara sudah selayaknya dapat dipakai ulang (dianalisis ulang) oleh pihak lain, mengundang kolaborasi, penulisan paper-paper ilmiah baru dan pada akhirnya (walaupun tidak instan) citation index akan meningkat.
Repositori data riset yg terbuka (open data) memang belum populer di Indonesia, karena “laci” masih jadi repository yg paling disukai. Seperti janji kemarin berikut blog post tentang hal ini.
—-

What is data repository?

Menurut Google Translate, definisi “repository” adalah:

– a place, building, or receptacle where things are or may be stored: “a deep repository for nuclear waste”.
– a place in which something, especially a natural resource, has accumulated or where it is found in significant quantities: “accessible repositories of water”
– in COMPUTING, a central location in which data is stored and managed:”the metadata will be aggregated in a repository”.

Menurut saya definisi yang paling sesuai adalah yang ke-3.

Is data citeable?

Dari beberapa peneliti LN yang saya tanya, baik secara personal maupun dari fasilitas Q&A ResearchGate dan Quora, jawabannya adalah “ya, data dapat disitasi”, karena data sebagaimana halnya makalah lengkap juga merupakan hasil olah pikir saintifik. Dalam era open data dan open science, data harus memiliki aksesibilitas dan visibilitas yang tinggi. Ada dua artikel menarik yang dapat saya bagi:

How can we make our data citeable?

Secara konvensional, apapun yang tersedia online dapat disitasi selama ada lamat rujukan yang jelas. Namun perkembangan saat ini, penggunaan kode digital object identifier (DOI) sudah makin meluas, termasuk untuk dataset. Dengan DOI maka obyek yang kita sitasi, apapun itu, tidak akan tertukar dengan obyek yang lain. Kerena DOI adalah kode unik. Jadi saat ini sudah sangat jamak penggunaan (assigning) DOI untuk file data yang telah diunggah. DOI pertamakali digunakan 10 tahun yang lalu (baca tautan ini).

Anda bisa langsung mencoba membuat akun di Figshare.com. Spasi penyimpanan 1 Gb didapatkan gratis bila anda mendaftar. Lumayan besar lho itu.

Setelah mendaftar, maka anda akan masuk ke layar “home” seperti ini.

Screen Shot 2016-01-22 at 8.43.24 PM

 

 

 

 

Tautan ini adalah contoh dataset saya yang diunggah di Figshare. Coba anda copy-paste ke perambah.

https://figshare.com/s/6f06642fdfd7d3779554

Bila diakses maka akan muncul layar seperti ini.

Screen Shot 2016-01-22 at 8.41.57 PM

 

 

 

 

 

 

Why we should make data accessible?

Pertanyaan bagus. Setidaknya ada dua pertimbangan:

  • Pertimbangan substansial: Bila data tersedia secara bebas dan dapat dianalisis ulang, maka makin banyak orang yang menguji validitas data dan validitas analisis. Bila ini terjadi ada dua kemungkinan dampaknya: hasil analisis kita akan didukung oleh hasil analisis orang lain, yang kedua, mungkin juga hasil pemikiran kita direvisi oleh orang lain. Bila jenis yang kedua terjadi, apakah ini akan mengurangi nilai saintifik makalah kita? Jawabannya “tentu tidak”. Karena dunia saintifik adalah dunia yang obyektif, maka dokumen analisis kita tetap (yang telah dipublikasikan) akan tetap terekam dalam khasanah ilmiah, walaupun hasilnya diperbaiki oleh peneliti lainnya.
  • Pertimbangan ekonomis: Bila orang lain dapat menggunakan ulang (reuse) data kita, maka biaya yang dikeluarkan untuk mengambil data tersebut akan memiliki benefit yang berlipat. Kemudian pada akhirnya nilai ekonomisnya akan terus bertambah.

Layanan data hosting?

Beberapa contoh perusahaan atau organisasi yang menyelenggarakan free data hosting di repositorinya:

Data repository dalam bentuk lain:

  • Researchgate: ini sebenarnya adalah media sosial saintifik. Mereka memberikan opsi unggah “dataset” selain opsi “full paper”. Anda dapat secara langsung menawarkan kolaborasi dengan data yang anda unggah.
  • ArXiv, BiorXiv, PeerJ pre-print repository: situs ini adalah repositori preprint yaitu makalah yang sedang atau baru akan disubmit ke jurnal atau konferensi. Di dalam pdf dokumen yang anda unggah, anda dapat menyertakan dataset yang berkaitan. Dalam abstrak yang diunggah anda dapat memberikan penjelasan bahwa dalam dokumen juga disertakan kumpulan data mentah.

Seperti halnya Google Scholar, Crossref atau Scopus yang mengindeks karya tulis, ternyata ada pula organisasi yang mengindeks repositori data online, yaitu:

Datacite
Re3data

Choosing license?

Hal paling akhir yang perlu dilakukan adalah memilih lisensi berkas yang kita unggah ke Figshare atau ke repositori data manapun. Yang paling umum digunakan komunitas open science adalah lisensi Creative Commons (CC). Lisensi yang paling umum adalah:

  • CC-BY: anda hanya boleh merujuk, menggunakan ulang, menganalisis ulang, memodifikasi dokumen kita dengan syarat menyebutkan sumbernya atau,
  • CC-BY-SA: sama dengan ketentuan di atas, ditambah keharusan dokumen turunan untuk dibagikan dengan lisensi yang sama, Share Alike (SA), dengan dokumen milik kita.

Kondisi di ITB?

Situs Digital Library ITB  sebenarnya dapat jadi awal format open data di ITB (mungkin di Indonesia). Sedikit prasyaratnya adalah bahwa data dalam segala format harus disubmit secara terpisah. Tidak menyatu dengan file docx atau pdf yang biasa diminta oleh prodi kepada mahasiswa yang telah lulus sidang sebagai salah satu syarat wisuda.

Output riset yang dapat diunggah adalah:

  • laporan: format docx atau pdf
  • slide presentasi: format ppt atau pdf
  • data: format xls, csv, txt dll. Kondisi saat ini data umumnya menyatu (embedded) ke dalam dokumen teks.

Ketiga jenis output riset tersebut harus dapat diunggah secara terpisah. Selanjutnya perlu dipasang DOI generator terhadap dokumen-dokumen yang diunggah.

Penutup

Dari uraian singkat di atas, maka data adalah output riset yang potensial untuk dikembangkan. Syaratnya harus tersedia secara mudah (visibilitas tinggi) dan dapat diunduh dalam format yang paling umum dipakai (bukan pdf). Dengan dibukanya akses data, maka peluang untuk menghasilkan publikasi-publikasi turunan akan terbuka lebar. Kolaborasi dengan peneliti lain (DN dan LN) juga dapat dibangun dengan lebih mudah.

Harapannya, di masa mendatang “laci” bukan lagi repositori yg paling disukai.

Follow @dasaptaerwin

Bad wifi day

Kemarin adalah hari wifi buruk (bad wifi day) di prodi lantai 2. “Hotspot ITB” yang biasa berjalan normal, kemarin seperti sedang jalan jongkok, sementara ada beberapa referensi yang perlu dicari dan diunduh. Saya coba ganti moda ke koneksi via kabel (ethernet cable). Koneksi yang sudah agak lama tidak saya pedulikan. Kabel itu hanya menjuntai berdebu di lantai bawah meja saya. Kebetulan yang aktif adalah Macbook saya dengan OS Mac OSX Yosemite. Colok converter USB-ethernet, sambung kabel. Tunggu sekian lama sambil siap-siap mengisi data IP address. Nasib jelek, hingga saat nomor IP dimasukkan, koneksi tidak juga kunjung didapat.Ganti OS, jadi keputusan berikutnya. Siapa tahu sambungan internet hari ini lebih bersahabat dengan Windows. Saya nyalakan laptop yang lain, pilih OS Windows. Setelah mengulangi prosedur di atas, coba-coba oprek sana-sini. Nasib tetap sama. Sedikit malas sudah menyerang. Mau makan masih terlalu pagi. Akhirnya saya coba peruntungan dengan mengganti OS ke Ubuntu-Linux. Laptop saya memang sudah selalu terinstalasi dengan Linux sejak 15 tahun lalu. Masih berdampingan dengan OS “jendela” karena sulit juga bekerja sama dengan kolega lain yang masih fanatik dengan OS “empat kotak” itu. Bahkan partisi hard drive sudah tidak imbang, partisi Windows 1/3 ukuran partisi Linux. Walaupun untuk partisi data, sengaja saya masih menggunakan jenis WINFAT-32 yang konvensional agar dapat dibaca sekaligus oleh tiga jenis OS.    Restart laptop, kali ini saya pilih opsi Ubuntu di boot manager. Tunggu sebentar hingga masuk ke lingkungan Unity Desktop Manager. — Sedikit selingan, waktu booting Ubuntu, secara kasat mata lebih cepat dibanding Windows 8. Mungkin masih beda tipis dengan Windows 7, tapi jelas lebih cepat dibanding Windows generasi berikutnya. — Kembali ke masalah awal, setelah booting selesai, saya klik menu “disable wifi” di bagian atas menu bar, kemudian pilih “cable ethernet”, isi data proxy  server, seperti yang biasa saya lakukan di Mac OS dan Windows. Dan voila …. tanpa memasukkan data IP address, lupa lebih tepatnya, ternyata koneksi jaringan langsung berjalan. Jelas tanpa banyak setting ini-itu, OS Ubuntu mampu mengenali lingkungan jaringan dan mencoba melakukan koneksi. Saya lupa telah melakukan apa sebelumnya, tapi jelas waktu koneksi jadi lebih singkat tanpa banyak mengisi setting yang tidak perlu. Ingat saya bukan programmer :-).Jadi apa yang anda tunggu? Coba pindah ke Linux yang gratis, tidak pasaran, dan anda pastinya akan terlihat lebih keren, dibanding lapak sebelah. Baca juga:

  1. Reasons to choose and not to choose Linux
  2. Why Linux is better?

Salam,@dasaptaerwin

(image dipinjam dari: www.itsfoss.com)